建设工程合同纠纷的管辖权确定，主要遵循级别管辖和地域管辖的原则，其中不动产专属管辖具有优先性。以下是对此问题的详细解析：
一、级别管辖
基层人民法院管辖：
- 大多数建设工程合同纠纷案件，若争议金额不大、案情相对简单，通常由基层人民法院管辖。这是根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，基层人民法院负责审理大多数一审民事案件。
中级人民法院管辖：
- 对于重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件，或最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件，由中级人民法院管辖。在建设工程合同纠纷中，若案件涉及重大公共利益、行业影响或诉讼标的额较大，可能由中级人民法院审理。
高级人民法院管辖：
- 在全省（自治区、直辖市）范围内具有重大影响的建设工程纠纷案件，由高级人民法院管辖。这类案件通常涉及重大的公共利益或对行业有重大影响，需要高级人民法院进行审理。
最高人民法院管辖：
- 极少数在全国范围内具有重大影响的建设工程纠纷案件，如涉及到国家重点建设项目或对全国建设工程行业产生重大影响的案件，由最高人民法院管辖。
二、地域管辖
不动产专属管辖：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。在建设工程合同纠纷中，若纠纷涉及建设工程施工合同，则应由建设工程所在地的人民法院专属管辖。这一规定有利于法院对案件事实进行深入调查、勘验，确保裁判的公正性和执行的有效性。
- 特殊说明：对于建设工程设计合同纠纷，虽然相关司法解释未明确列举，但司法实践中普遍认为，因其与不动产项目的紧密关联性，同样应参照适用不动产专属管辖的规定。
一般地域管辖：
- 若建设工程合同纠纷不涉及不动产专属管辖，则适用一般地域管辖原则。根据《民事诉讼法》第二十三条：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”被告住所地是指被告的户籍所在地或经常居住地；合同履行地则需根据合同约定或实际履行情况确定。
三、协议管辖的限制
- 在一般情况下，合同当事人有权通过书面协议选择管辖法院，但该选择不得违反《民事诉讼法》对级别管辖和专属管辖的规定。对于建设工程合同纠纷，由于已明确适用不动产专属管辖或特定级别管辖，因此当事人不能通过协议管辖的方式排除相关法院的管辖权。即使合同中约定了其他管辖法院，该约定也会因违反专属管辖或级别管辖的规定而归于无效。
四、其他注意事项
合同履行地的确定：
- 在建设工程合同中，“合同履行地”的确定可能较为特殊。对于设计合同，若合同中有明确的设计成果交付地点或设计服务提供地点，该地点通常被视为合同履行地。若合同未明确约定，则需结合合同的具体内容、设计服务的性质以及双方当事人的实际履行情况等因素来综合判断。
管辖权异议：
- 当事人对管辖法院有异议的，应在提交答辩状期间提出管辖权异议申请。法院将依法审查并作出裁定，对裁定不服的可提起上诉。
总结与建议：
在处理建设工程合同纠纷时，当事人应首先审查合同条款和相关法律法规，确定案件的级别管辖和地域管辖。若涉及不动产专属管辖或特定级别管辖，应确保选择正确的管辖法院。同时，当事人应注意协议管辖的限制，避免因违反专属管辖或级别管辖的规定而导致管辖权异议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。