在发回重审的案件中，被告通常不能随意提出诉讼时效抗辩，但存在特定例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条，当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，除非其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间。这一原则同样适用于发回重审的情况。即，如果被告在原审一审期间未提出诉讼时效抗辩，那么在发回重审时再提，通常也不会得到法院的支持。这是因为，允许当事人在不同审判阶段随意提出新的抗辩理由，会破坏诉讼程序的稳定性和效率性。
二、特定例外
尽管存在上述一般原则，但也存在例外情况。如果被告在发回重审时能够基于新的证据证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，那么法院可能会考虑接受其诉讼时效抗辩。这是因为，新证据的出现可能改变了案件的诉讼时效状况，允许被告提出抗辩有助于确保诉讼的公正性和准确性。例如，被告在重新审理过程中找到了新的证据，如证人证言或书面材料，能证明原告在借款到期后很长时间内从未向其主张过权利，此时被告就可以基于该新证据提出诉讼时效抗辩。
三、司法实践中的考量
保障程序安定性：法院通常会严格审查被告未在原审一审提出抗辩的原因是否合理，以防止诉讼程序的不稳定和拖延。如果被告无正当理由未在原审一审提出抗辩，而在发回重审时提出，法院可能会不予支持。
公平保护当事人权益：在有新的证据出现，使得诉讼时效问题有了新的认定可能的情况下，允许被告提出诉讼时效抗辩，是为了保障被告的合法权益，确保案件能够得到公正的处理。
一审法院的重新审理义务：在发回重审的情况下，一审法院应当重新对案件进行审理，包括对诉讼时效的审查。此时，被告完全有权在重新审理的过程中提出诉讼时效抗辩，并且法院也应当依法进行审理和裁判。
四、实际操作建议
对于被告而言，如果确实存在诉讼时效问题，并希望以此为由抗辩对方的诉讼请求，应尽可能在一审期间提出。如果因故未能在一审期间提出，且没有新的证据支持，那么在发回重审时再提诉讼时效抗辩将面临较大的法律风险。因此，被告在参与诉讼过程中，应密切关注诉讼时效问题，及时提出抗辩，并充分准备相关证据材料。
总结来说，在发回重审的案件中，被告提出诉讼时效抗辩需谨慎对待。如果确实存在新证据或一审法院未对诉讼时效问题进行审理和裁判存在错误等情形，被告可以提出诉讼时效抗辩。但若无充分理由和新证据支持，被告在发回重审时提出诉讼时效抗辩可能会面临法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。