申请入职合同与转正合同不一样，确实可能会产生一定影响，但具体影响取决于合同内容及实际情况。以下从几个方面为你详细分析：

一、合同性质与目的

1. 申请入职合同：通常是在员工正式入职前，与用人单位就入职条件、岗位、薪资等基本事项达成的初步协议。它更多是一种意向性的约定，为后续签订正式的劳动合同奠定基础。
2. 转正合同：则是在员工试用期满后，根据试用期间的表现和双方意愿，签订的正式劳动合同。它明确了员工与用人单位之间的长期劳动关系，包括工作内容、工作地点、工作时间、薪资福利等详细条款。

二、合同内容差异的影响

1. 薪资与福利：如果申请入职合同与转正合同在薪资、福利等方面存在差异，且这种差异在转正后未得到妥善解决，可能会引发员工的不满和纠纷。例如，若入职时承诺的薪资在转正后未兑现，员工有权要求用人单位按照约定支付。
2. 岗位与职责：合同中关于岗位和职责的约定也是关键。如果转正后的岗位与入职时承诺的岗位不符，或者职责范围发生了显著变化，员工有权提出异议，并要求用人单位按照合同约定履行。
3. 试用期与转正条件：申请入职合同中可能包含试用期的约定，而转正合同则应明确转正的条件和程序。如果转正条件不明确或存在争议，可能会影响员工的转正进程和劳动关系稳定性。

三、法律建议

1. 仔细审查合同条款：在签订任何合同前，都应仔细审查合同条款，确保自己的权益得到充分保障。特别是关于薪资、福利、岗位、职责、试用期和转正条件等关键条款，要确保清晰明确，无歧义。
2. 及时沟通与协商：如果发现申请入职合同与转正合同存在差异或疑问，应及时与用人单位沟通协商，寻求解决方案。避免因为沟通不畅或拖延时间而导致问题复杂化。
3. 保留证据：在签订和履行合同过程中，要保留好相关证据，如合同文本、邮件、短信、聊天记录等。这些证据在发生纠纷时将起到关键作用，有助于维护自己的合法权益。

四、可能产生的法律后果

如果申请入职合同与转正合同存在显著差异，且这种差异未得到妥善解决，可能会引发以下法律后果：

1. 劳动争议：员工可能因薪资、福利、岗位等问题与用人单位产生争议，甚至提起劳动仲裁或诉讼。
2. 合同无效或部分无效：如果合同中的某些条款违反法律法规或公序良俗，可能被认定为无效或部分无效。这将影响合同的履行和双方的权益。

总结来说，申请入职合同与转正合同不一样确实可能会产生一定影响。因此，在签订和履行合同过程中，要谨慎对待合同条款，及时沟通与协商，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。