结论：在一个案子中涉及多份合同和多个主体，且部分合同有仲裁条款、部分没有的情况下，不能简单地向法院一并起诉，而需要根据具体情况分别处理。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁条款的效力
仲裁条款的独立性：仲裁条款通常被视为独立于主合同的条款，即使主合同无效或被撤销，仲裁条款仍然有效。这意味着，如果某份合同中包含了有效的仲裁条款，那么因该合同产生的争议应当通过仲裁解决，而不是诉讼。
仲裁条款的约束力：仲裁条款对签署该条款的合同双方具有约束力。如果某个主体签署了包含仲裁条款的合同，那么它就必须遵守该条款，将争议提交仲裁解决。
二、无仲裁条款的合同
诉讼权利：对于没有仲裁条款的合同，当事人有权选择向法院提起诉讼来解决争议。这是法律赋予当事人的基本权利。
合并起诉的可能性：如果多个合同之间存在关联，且多个主体之间的争议可以合并审理，那么在没有仲裁条款的情况下，当事人可以考虑向法院提起合并诉讼。但需要注意的是，合并诉讼需要满足一定的条件，如合同之间的关联性、诉讼标的的同一性等。
三、有仲裁条款与无仲裁条款并存的情况
分别处理：当一个案子中涉及多份合同，且部分合同有仲裁条款、部分没有时，通常需要分别处理。即，因有仲裁条款的合同产生的争议应当提交仲裁解决；因无仲裁条款的合同产生的争议可以向法院提起诉讼。
协调与沟通：在实际操作中，当事人可能需要与仲裁机构和法院进行协调与沟通，以确保争议的顺利解决。例如，如果仲裁机构和法院都认为某个争议应当由其处理，那么当事人可能需要根据具体情况选择其中一个机构进行解决，或者寻求其他合法的解决途径。
四、法律建议
审查合同条款：在处理涉及多份合同和多个主体的案件时，首先应当仔细审查每份合同的条款，特别是仲裁条款的存在与否及其具体内容。
咨询专业律师：由于涉及复杂的法律问题和程序问题，建议当事人咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。律师可以根据具体情况为当事人提供合适的解决方案和策略。
考虑争议解决效率：在选择争议解决方式时，当事人应当考虑各种方式的效率和成本。仲裁通常具有更快的解决速度和更灵活的程序安排；而诉讼则可能更加正式和严格，但也可能提供更全面的法律保障。
最后，如果你在处理此类案件时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于刑事辩护和合同纠纷领域的专业律师，我将能够为你提供全面、准确的法律意见和指导。