公司亏损并不能直接成为取消公积金的合法理由。以下从多个角度为你详细分析：
法律角度
根据《住房公积金管理条例》的相关规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。这一规定并未将公司亏损作为可以取消或减少公积金缴存的合法情形。因此，从法律层面讲，公司亏损并不能直接导致公积金缴存的取消或减少。
实际操作角度
协商与沟通：如果公司确实面临严重的财务困难，无法按时足额缴存公积金，那么公司应当与员工进行充分的协商和沟通，说明公司的实际情况和困难，并寻求员工的理解和支持。在协商一致的基础上，公司可以与员工签订书面协议，约定暂时减少或缓缴公积金的缴存比例或金额。但需要注意的是，这种减少或缓缴应当是暂时的，且在公司财务状况好转后，应当及时恢复正常的缴存比例和金额。
申请缓缴或降低缴存比例：根据《住房公积金管理条例》的规定，单位在特定情况下（如连续亏损两年等），可以申请缓缴或者降低住房公积金缴存比例。但这一申请需要经过住房公积金管理委员会的批准，并且需要提交相关的证明材料，如财务报表、审计报告等，以证明公司的财务状况确实困难。即使获得批准，缓缴或降低缴存比例的期限也是有限的，且在公司财务状况好转后，应当及时恢复正常的缴存比例和金额。
法律后果角度
如果公司未经员工同意或未经住房公积金管理委员会批准，擅自取消或减少公积金的缴存，那么公司可能面临以下法律后果：
行政处罚：住房公积金管理中心有权对公司进行行政处罚，包括罚款、责令限期缴存等。
员工维权：员工有权向住房公积金管理中心投诉或举报公司的违法行为，并要求公司补缴欠缴的公积金及利息。在极端情况下，员工还可以通过法律途径维护自己的合法权益，如提起劳动仲裁或诉讼等。
建议
公司角度：如果公司确实面临财务困难，应当积极与员工沟通协商，寻求合理的解决方案。同时，公司也可以咨询专业的法律人士或住房公积金管理机构，了解相关的法律法规和政策规定，以确保公司的行为合法合规。
员工角度：如果员工发现公司擅自取消或减少公积金的缴存，应当及时向住房公积金管理中心投诉或举报，并保留好相关的证据材料。同时，员工也可以咨询专业的法律人士，了解自己的合法权益和维权途径。
综上所述，公司亏损并不能直接成为取消公积金的合法理由。如果公司确实面临财务困难，应当通过合法合规的途径寻求解决方案，而不是擅自取消或减少公积金的缴存。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。