总经理不是法人但公司实行总经理负责制是合法的。以下从多个角度进行分析：

1. 法人定义与总经理角色：

   • 法人，在法律上是指具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织。它并非指某个具体的个人，而是一个组织实体。
   • 总经理则是公司的高级管理人员，负责公司的日常经营管理工作。总经理可以由董事会聘任或解聘，并对董事会负责。

2. 总经理负责制的合法性：

   • 总经理负责制是一种公司治理结构，它强调总经理在公司运营中的核心地位，由总经理全面负责公司的日常经营管理。
   • 这种制度并不要求总经理必须是法人。实际上，在大多数公司中，法人往往是公司的董事长或法定代表人，而总经理则负责具体的经营管理工作。
   • 总经理负责制的合法性来源于公司章程和公司法的规定。只要公司章程中明确规定了总经理的职责和权限，并且这种规定不违反公司法的强制性规定，那么总经理负责制就是合法的。

3. 总经理不是法人对公司运营的影响：

   • 总经理不是法人，并不影响其作为公司高级管理人员的地位和职责。总经理仍然可以依法行使职权，管理公司事务。
   • 同时，法人（如董事长）作为公司的法定代表人，对外代表公司行使权利、履行义务。总经理在法人授权范围内行事，其法律后果由公司承担。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实行总经理负责制时，公司应确保总经理的职权明确、责任清晰，并在公司章程中予以规定。
   • 总经理应严格遵守公司章程和法律法规的规定，不得超越职权范围行事。
   • 公司应建立健全内部监督机制，确保总经理的决策和行为符合公司和股东的利益。

总结与建议： 总经理不是法人并不影响公司实行总经理负责制的合法性。关键在于公司章程中是否明确规定了总经理的职责和权限，并且这种规定是否符合公司法的规定。如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导。