农村集体经济股份合作社能否承包村里的工程，需分情况讨论，核心在于是否符合法律规定的竞标资格及是否存在利益冲突，具体分析如下：

1. 若合作社具备独立法人资格且符合招标条件，可依法参与竞标
   根据《招标投标法》第六条及《民法典》关于法人的规定，农村集体经济股份合作社若依法登记为独立法人（如有限责任公司或股份合作制企业），且具备与工程规模相匹配的资质（如施工资质、资金实力等），可与其他市场主体平等参与村内工程招标。此时需满足：

   • 程序合法性：工程需通过公开招标、邀请招标等法定程序，合作社不得直接指定承包；
     
   • 资质匹配性：合作社经营范围需包含工程建设相关内容，且技术人员、设备等符合要求；
     
   • 利益回避原则：若合作社成员同时为村集体决策人员（如村两委成员），需在招标过程中回避，避免利益关联。

2. 若合作社未独立登记或存在利益关联，可能被禁止承包

   • 主体资格限制：若合作社未完成工商登记，或登记为非法人组织（如农民专业合作社未升级为股份合作制企业），可能因不具备独立民事责任能力而被排除在招标范围外；
     
   • 利益冲突禁止：根据《村民委员会组织法》第三十六条，村集体经济组织与村委会存在职能交叉时，若合作社成员同时担任村委职务，直接承包工程可能涉嫌“自己招标、自己承包”，违反公平原则；
     
   • 审计风险：即使合作社合法中标，若工程款支付、验收等环节由同一批人员主导，可能引发财务不透明质疑，需提前通过村民会议或村民代表会议决议并公示。

实务建议：

• 村集体若计划将工程发包给合作社，应提前完成合作社的法人登记，并明确其经营范围；
  
• 招标过程中需引入第三方监督（如乡镇政府、村民监督委员会），确保程序公开；
  
• 合同中应约定分阶段付款、第三方验收等条款，降低法律风险。
  

如有具体案例（如工程规模、合作社股权结构等），可进一步向我咨询细节。