结论：公司仅凭两人指认员工吸烟就开除员工，这一行为是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从几个关键角度进行分析：
公司规章制度的角度：
- 规章制度的内容：首先，要查看公司的规章制度中是否有明确规定吸烟属于严重违反公司规定的行为，以及是否明确规定了仅凭两人指认即可开除员工的条款。如果规章制度中有此类明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据此规定开除员工可能具有一定的合法性。
- 规章制度的制定程序：其次，规章制度的制定必须符合法定程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论、协商确定，并公示或告知劳动者。如果规章制度制定程序不合法，那么其内容即使合理，也可能因程序瑕疵而无效。
证据充分性的角度：
- 证据的种类与数量：仅凭两人指认作为开除员工的唯一证据，其充分性可能受到质疑。在劳动争议中，证据应当充分、确凿，能够形成完整的证据链。如果公司无法提供其他辅助证据（如监控录像、现场照片、员工自认等）来佐证两人指认的真实性，那么仅凭两人指认可能不足以证明员工确实存在吸烟行为。
- 证据的合法性：此外，收集证据的过程也必须合法。如果公司在收集证据过程中侵犯了员工的合法权益（如非法搜查、窃听等），那么该证据可能因违法而无效。
法律法规的角度：
- 劳动合同法的规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位单方解除劳动合同必须符合法定情形，如严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。如果公司仅凭两人指认就开除员工，且该行为不符合法定解除情形，那么公司的行为可能构成违法解除劳动合同。
- 劳动法的保护：劳动法对劳动者的权益给予了充分保护，用人单位在解除劳动合同时必须遵循法定程序和条件。如果公司违反这些规定，劳动者有权要求公司继续履行劳动合同、支付赔偿金或要求其他形式的救济。
建议：
- 对于员工：如果认为公司开除自己的行为不合法，可以收集相关证据（如公司规章制度、指认记录、监控录像等）并向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付赔偿金或继续履行劳动合同。
- 对于公司：在制定和执行规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，并遵循法定程序。在解除劳动合同时，应确保有充分、确凿的证据支持自己的决定，并遵循法定解除情形和程序。
可能后果：
- 如果公司开除员工的行为被认定为违法，那么公司可能需要支付赔偿金给员工，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果员工能够证明公司开除自己的行为不合法，那么员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付相应的赔偿。
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