结论前置：一天上十二个半小时班但算十一个小时考勤，这种做法是否违法需分情况讨论，主要取决于是否违反了关于工作时间和加班的相关规定。

1. 关于标准工作时间：

   • 根据我国《劳动法》的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工作时间，任何单位和个人都不得擅自延长。
   • 如果员工一天实际工作十二个半小时，但考勤只算十一个小时，这本身并不直接违反标准工作时间的规定，因为考勤时间并未超过八小时的标准（此处需注意，实际比较的是“实际工作时间”与“标准工作时间”，而考勤时间若作为计算工资或加班的依据，其合法性需结合其他规定判断）。但关键在于，实际工作时间十二个半小时已经远超了标准工作时间，这涉及到加班的问题。

2. 关于加班时间：

   • 同样根据《劳动法》，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 在您描述的情况下，员工一天实际工作十二个半小时，即加班了四个半小时（12.5小时-8小时=4.5小时），这明显超过了每日最多加班三小时的规定。因此，从加班时间的角度来看，这种做法是违法的。

3. 关于考勤与实际工作时间的差异：

   • 考勤时间通常作为计算员工工资、加班费等劳动报酬的依据。如果考勤时间少于实际工作时间，且这种差异导致员工无法获得应有的劳动报酬，那么这种做法也是不合法的。
   • 在您的情况下，如果考勤只算十一个小时，但实际工作了十二个半小时，且这额外的1.5小时未被计入加班或未获得相应报酬，那么这种做法就侵犯了员工的合法权益。

法律建议：

• 作为员工，如果发现自己的实际工作时间与考勤时间存在差异，且这种差异导致自己无法获得应有的劳动报酬，应及时与用人单位沟通，要求纠正。
• 如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
• 作为用人单位，应严格遵守《劳动法》等相关法律法规的规定，合理安排员工的工作时间，确保员工的合法权益不受侵犯。

可能法律后果：

• 如果用人单位违反关于工作时间和加班的规定，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
• 员工也有权要求用人单位支付加班费、经济补偿等，甚至可以通过法律途径解除劳动合同并要求赔偿。

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