关于物流公司合作关系中收取2000元履约保证金是否合法的问题，结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同中有明确约定且符合法律规定
   根据《中华人民共和国民法典》第五百八十六条，当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金数额由当事人约定，但不得超过主合同标的额的20%，超过部分不产生定金的效力。

   • 合法情形：若货物买卖合同总金额≥1万元，2000元履约保证金未超过20%上限，且合同明确约定其性质为“定金”或“履约保证金”，则合法有效。
     
   • 需注意：若合同未明确约定保证金性质（如未区分定金、违约金、押金等），可能因约定不明被认定为无效条款。

2. 若合同无约定或约定违法

   • 违法情形1：合同未约定保证金，但物流公司单方强制收取，可能构成“霸王条款”，违反《消费者权益保护法》第二十六条（经营者不得以格式条款加重消费者责任）。
     
   • 违法情形2：保证金数额超过合同标的额20%（如合同金额仅5000元却收取2000元），超出部分无效，物流公司需退还超额部分。
     
   • 违法情形3：物流公司以保证金名义变相收取“入场费”“管理费”等无合法依据的费用，可能涉嫌不正当竞争或行政违法。

3. 实务建议

   • 对发货方：
     
     1. 审查合同条款，明确保证金性质、金额、退还条件（如合同履行完毕后多少日内退还）；
        
     2. 要求物流公司出具收款凭证，并注明“履约保证金”用途；
        
     3. 若保证金被扣押，可依据合同约定或《民法典》第五百八十七条（定金罚则）主张权利。
        
   • 对物流公司：
     
     1. 保证金条款需以书面形式明确，避免口头约定；
        
     2. 收取金额需符合20%上限，并保留合同标的额计算依据；
        
     3. 退还保证金时需留存书面确认记录，防止纠纷。

若您已签订合同或遇到保证金纠纷，可进一步提供合同条款、付款凭证等材料，我将为您分析具体风险点及维权路径。