结论：员工对综合工时有异议时，可以拒绝签字下一年度的申报，但需考虑公司可能采取的措施及法律后果，并建议通过协商、投诉或法律途径解决争议。

详细分析：

1. 员工拒绝签字的权利：

   • 员工对综合工时有异议，本质上是对劳动合同中工作时间的条款存在不同意见。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更（包括工作时间的变更）应当经双方协商一致，并采用书面形式。因此，如果员工不同意下一年度继续实行综合工时制，有权拒绝在相关申报或变更协议上签字。

2. 公司可能采取的措施：

   • 协商：公司可能会尝试与员工进行协商，了解员工的异议原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
   • 单方面决定：如果公司坚持实行综合工时制，且员工拒绝签字，公司可能会单方面决定继续实行，但这可能引发劳动争议。
   • 解除劳动合同：在极端情况下，如果公司认为员工的拒绝行为构成严重违反公司规章制度或劳动合同约定，可能会考虑解除劳动合同。但这一行为需符合《劳动合同法》中关于解除劳动合同的法定条件，否则可能构成违法解除，需承担相应的法律责任。

3. 员工应采取的行动：

   • 表达异议：员工应明确向公司表达自己对综合工时制的异议，并说明理由。
   • 协商解决：尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案，如调整工作时间、增加休息时间或提供相应的补偿等。
   • 投诉举报：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报公司的违法行为，如未经协商单方面变更劳动合同等。
   • 法律途径：如果投诉举报无果，员工还可以考虑通过法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。

4. 法律后果：

   • 如果员工拒绝签字且公司未采取合法措施：员工可能继续按照原劳动合同约定的工作时间工作，或公司可能因无法达成一致而调整工作安排。
   • 如果公司单方面决定继续实行综合工时制：员工可以主张公司违反了《劳动合同法》中关于劳动合同变更的规定，要求公司承担相应的法律责任。
   • 如果公司违法解除劳动合同：员工可以要求公司支付赔偿金，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 在拒绝签字前，员工应充分了解综合工时制的相关规定和自己的权益，以便更好地表达异议和寻求解决方案。
• 在协商过程中，员工应保持冷静和理性，避免情绪化行为影响协商结果。
• 如果协商无果或公司采取不合法措施，员工应及时寻求法律援助或咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。