在民事诉讼中，如果法院委托的建设工程鉴定机构没有按照原被告双方认定的单价进行鉴定，这确实是一个需要关注的问题。以下是从不同角度对此问题的分析和建议：
鉴定机构的职责与依据：
- 鉴定机构在接受法院委托后，应当依据相关法律法规、行业标准以及双方当事人提供的证据材料进行鉴定。如果双方已经就单价达成了一致，并且这一单价是合理且符合市场行情的，那么鉴定机构原则上应当采纳这一单价作为鉴定的基础。
- 若鉴定机构未采纳双方认定的单价，它应当有充分的理由和依据。例如，它可能认为双方认定的单价与市场行情不符，或者存在其他影响单价合理性的因素。在这种情况下，鉴定机构应当在鉴定报告中详细说明其未采纳双方单价的原因和依据。
当事人的权利与救济途径：
- 如果当事人认为鉴定机构的鉴定结果不公正或不合理，他们有权在法庭上提出异议。这通常包括在庭审过程中对鉴定报告进行质证，指出鉴定机构未采纳双方单价的不当之处，并提供相应的证据来支持自己的观点。
- 当事人还可以申请重新鉴定。如果法庭认为当事人的异议有理有据，或者鉴定机构在鉴定过程中存在违法行为或严重失误，法庭可能会决定重新委托另一家鉴定机构进行鉴定。
法庭的审查与裁决：
- 法庭在收到当事人的异议和鉴定报告后，会对鉴定报告进行审查。法庭会考虑鉴定机构的资质、鉴定过程的合法性、鉴定结论的合理性以及双方当事人的质证意见等因素。
- 如果法庭认为鉴定机构未采纳双方单价的行为不当，或者鉴定结论存在其他问题，法庭有权不采纳该鉴定结论，并可能要求鉴定机构进行修正或重新鉴定。在极端情况下，法庭甚至可能直接根据双方当事人的证据和法律规定作出裁决，而不依赖鉴定结论。
建议与注意事项：
- 当事人在诉讼过程中应积极收集并保留与单价相关的证据材料，如合同、报价单、市场行情报告等。这些证据材料在质证和申请重新鉴定时将发挥重要作用。
- 当事人在对鉴定报告提出异议时，应确保异议内容具体、明确且有理有据。避免提出模糊或缺乏依据的异议，以免影响法庭对异议的审查和处理。
- 如果当事人对鉴定过程或鉴定结论有疑问，可以考虑咨询专业律师的意见。律师可以根据当事人的具体情况和法律法规，为当事人提供有针对性的法律建议和帮助。
总的来说，如果法院委托的建设工程鉴定机构没有按照原被告双方认定的单价进行鉴定，当事人有权提出异议并申请重新鉴定。法庭在审查鉴定报告时，会综合考虑多种因素来作出裁决。因此，当事人在诉讼过程中应积极收集证据、提出有理有据的异议，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。