面对特殊工种单位把档案部分丢失的情况，这确实是一个比较棘手的问题，但您不必过于担心，我们可以按照以下步骤来妥善应对，确保您的合法权益得到维护。

一、立即与单位沟通并确认责任

首先，您需要立即与单位的人事部门或管理层取得联系，详细说明档案丢失的情况，并明确指出单位对职工档案负有保管责任。要求单位尽快确认档案丢失的具体环节和责任归属，这是后续维权和补救措施的基础。

二、全面查找并收集替代证明材料

在确认档案丢失后，您需要积极行动起来，全面查找可能存在的替代证明材料。这些材料可以包括：

1. 工资及津贴记录：如工资发放表、保健津贴发放表、银行工资流水等，这些记录能够证明您的工作时间和薪资待遇。
2. 劳动合同与社保记录：劳动合同是证明您与单位劳动关系的重要文件，而社保缴费记录则能反映您的工作年限和社保缴纳情况。
3. 同事证言：寻找曾经与您一同工作的同事，请他们出具书面证言，证明您从事特殊工种的事实、工作岗位、内容以及时间等。
4. 荣誉证书与奖励文件：如果您在工作中获得过荣誉证书或奖励文件，且这些文件上注明了您的工作岗位和工作时间，那么它们也可以作为有效的替代证明材料。

三、要求单位出具证明并协助补办材料

在收集替代证明材料的同时，您还需要要求单位出具档案丢失证明，并加盖公章。这份证明将作为您后续维权和补办材料的重要依据。此外，您还可以要求单位重新整理、出具能证明您工作经历和特殊工种工作情况的文件，以尽可能弥补档案丢失带来的损失。

四、咨询相关部门并申请重新认定与档案补办

接下来，您需要向当地劳动保障部门或相关行业主管部门咨询特殊工种认定的具体政策和要求。根据政策要求，准备个人身份证明、工作经历证明、职业资格证书等相关材料，并提交给相关部门申请重新认定特殊工种资格。如果无法找回档案原件，您还可以向劳动和社会保障部门申请补办档案，并根据现有资料出具证明。

五、加强沟通协商并寻求法律援助

在整个过程中，您需要保持与单位和相关部门的密切沟通，说明实际情况，争取政策支持。同时，如果因档案丢失导致您的权益受损，您可以向专业律师咨询相关法律法规，了解自己的权益和维权途径。如果单位未履行相应责任导致您无法享受退休待遇等合法权益，您还可以依法申请仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。

六、预防措施与未来建议

为了避免类似情况再次发生，我建议您在未来选择信誉良好的机构存放档案，并定期查看保存情况。同时，考虑将档案进行备份或扫描存储在电子设备中，以防万一发生丢失或损坏。

总之，面对特殊工种单位把档案部分丢失的情况，您需要保持冷静、积极行动，并按照上述步骤来妥善应对。相信通过您的努力和相关部门的协助，您一定能够维护好自己的合法权益。