对于未公开招标项目的最终结算问题，这主要取决于项目合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同约定优先
合同内容：在未公开招标的情况下，项目双方通常会签订一份详细的合同，明确双方的权利和义务，包括项目的范围、质量标准、价格、支付方式、结算方式等。因此，合同中的结算条款是确定最终结算方式的首要依据。
结算方式：合同中可能规定了多种结算方式，如一次性结算、分期结算、按进度结算等。双方应严格按照合同约定的方式进行结算，以避免产生纠纷。
二、法律法规的适用
相关法律法规：尽管项目未公开招标，但仍然需要遵守国家相关的法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定、以及特定行业（如建设工程）的相关法律法规。这些法律法规可能对结算方式、结算时间、结算程序等有具体规定。
合法合规性：在结算过程中，双方应确保结算行为的合法合规性，不得违反国家法律法规的强制性规定。例如，不得通过虚假结算、恶意串通等方式损害国家、集体或第三人的利益。
三、结算过程中的注意事项
结算资料的准备：双方应准备好与结算相关的所有资料，如合同、发票、验收报告、进度报告等。这些资料是结算的依据，必须真实、完整、准确。
结算程序的遵循：双方应按照合同约定的结算程序进行结算。如果合同中没有约定或约定不明确，可以参照行业惯例或相关法律法规的规定进行。
争议解决机制：如果在结算过程中产生争议，双方应首先通过友好协商解决。协商不成的，可以根据合同约定或相关法律法规的规定，选择仲裁或诉讼等方式解决争议。
四、特殊情况下的结算处理
合同变更或解除：如果在项目执行过程中，合同发生变更或解除，双方应根据变更或解除后的合同内容重新确定结算方式。
不可抗力因素：如果因不可抗力因素（如自然灾害、政策变化等）导致项目无法按原计划进行，双方应根据实际情况协商调整结算方式。
建议：在处理未公开招标项目的结算问题时，双方应首先仔细审查合同内容，明确结算方式和程序。同时，要关注相关法律法规的规定，确保结算行为的合法合规性。如果在结算过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。你可以直接向我咨询医疗纠纷、合同纠纷领域的法律问题。