农民在工厂两个月不给上保险是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：
法律规定：根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。这意味着，工厂在农民入职后的三十天内就必须为其办理社会保险登记并缴纳社会保险费，两个月不给上保险明显违反了这一规定。
法律后果：工厂不依法为农民缴纳社会保险费，会面临一系列法律后果。一方面，社会保险费征收机构会责令其限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。另一方面，如果工厂的行为给农民造成了损失，比如因未缴纳医疗保险导致农民无法享受医保报销待遇，工厂还需要承担相应的赔偿责任。
农民的权益保护：农民作为劳动者，享有依法参加社会保险和享受社会保险待遇的权利。如果工厂两个月不给上保险，农民可以采取以下措施来维护自己的权益：首先，可以与工厂协商，要求工厂依法为其缴纳社会保险费；其次，可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对工厂的违法行为进行查处；最后，如果协商和投诉都无法解决问题，农民还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，工厂两个月不给农民上保险是不合法的，农民有权要求工厂依法为其缴纳社会保险费，并可以通过多种途径来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于社会保险或劳动法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。