员工请假超过三个月，单位并不可以直接辞退员工。这一结论的得出，需要我们从多个角度进行详细分析：
一、合法辞退的情形
规章制度明确且程序合法：
- 如果单位依法制定的规章制度中明确规定，员工请假超过一定期限（如三个月）属于严重违反单位规章制度的行为，并且该规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论通过等），同时向员工进行了公示或告知，那么在这种情况下，若员工请假过长达到规定的严重违纪标准，单位可以依据规章制度辞退员工，且无需支付经济补偿。但这种情况较为特殊，且需要严格的程序和证据支持。
医疗期满不能胜任工作：
- 如果员工请的是病假，且医疗期已满，根据《劳动合同法》第四十条，若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同，但需支付经济补偿。这里的关键是医疗期已满且员工不能胜任工作，而非仅仅因为请假超过三个月。
二、不得随意辞退的情形
请假符合规定且在合理范围：
- 如果员工请假符合单位规定的流程和要求，且请假事由合理（如法定的婚丧假、产假、陪产假、年休假、探亲假等带薪休假权利），单位不得以请假时间长为由随意辞退员工。若强行辞退，属于违法解除劳动合同，员工有权要求单位继续履行劳动合同；不要求继续履行或劳动合同已无法履行的，单位需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
未履行法定程序：
- 即使员工请假过长可能构成违纪，但单位未按法定程序处理（如未事先通知工会、未给员工说明理由和申辩机会），辞退行为也可能被认定为违法。
病假医疗期内：
- 员工因病需要请假，享有法定的医疗期。在医疗期内，单位不得解除劳动合同。医疗期的长短根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，通常远超过三个月。
三、违法辞退的法律后果
- 若单位以员工请假过长为由违法辞退员工，员工有权要求单位支付赔偿金。赔偿金的计算方式依据《劳动合同法》第八十七条，即用人单位应按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿的标准则根据员工在本单位的工作年限和月工资水平确定。
四、建议与注意事项
- 完善规章制度：单位应制定合法有效的规章制度，明确员工的请假流程和审批权限，以及请假超过一定期限的处理方式，但需确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。
- 加强沟通与管理：单位应加强与员工的沟通，了解员工的请假原因和实际需求，合理安排工作，避免不必要的误解和冲突。在员工请假期间，单位也应保持与员工的联系，了解其康复情况或处理事务的进展。
- 依法处理劳动纠纷：在处理劳动纠纷时，单位应遵守相关法律法规，确保处理过程的合法性与合规性。如遇难以解决的问题，可寻求专业法律人士的帮助，以避免因处理不当而引发的法律风险。
综上所述，员工请假超过三个月并不直接构成单位可以辞退的理由。单位在做出辞退决定时，必须严格遵循法律法规和规章制度，确保员工的合法权益得到保障。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。