公司员工多人长期迟到早退，公司不可以仅处理一个员工而不处理其他员工，这样的做法在法律上可能存在问题，且从管理角度也不合理。以下从法律和管理两个角度进行详细分析：
法律角度
公平原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位在处理员工违纪行为时，应当遵循公平、公正的原则。如果公司对多名员工存在相同的违纪行为（如长期迟到早退），却只处理其中一个员工，这显然违反了公平原则。
- 被处理的员工可能会因此感到不公，进而可能引发劳动争议或诉讼，对公司造成不必要的法律风险和声誉损失。
规章制度的一致性：
- 公司的规章制度应当对所有员工一视同仁，具有普遍适用性。如果公司对多名员工存在相同的违纪行为却采取不同的处理方式，这可能导致规章制度失去权威性和执行力。
- 员工可能会因此对公司的规章制度产生质疑，进而影响公司的整体管理秩序和效率。
劳动争议风险：
- 如果被处理的员工认为公司的处理方式不公，可能会向劳动争议仲裁委员会或法院提起申诉或诉讼，要求公司撤销处理决定或给予相应的赔偿。
- 在这种情况下，公司需要承担举证责任，证明其处理决定的合法性和合理性。如果公司无法提供充分的证据支持其处理决定，可能会面临败诉的风险。
管理角度
团队凝聚力：
- 如果公司对多名员工存在相同的违纪行为却只处理其中一个员工，这可能会破坏团队的凝聚力和信任感。其他员工可能会认为公司存在偏袒或不公，进而影响他们的工作积极性和忠诚度。
管理效率：
- 公平、一致的处理方式有助于维护公司的管理秩序和效率。如果公司对违纪行为采取不同的处理方式，可能会导致员工对公司的管理产生质疑和不满，进而影响公司的整体运营效率。
企业文化：
- 公平、公正的企业文化是吸引和留住人才的重要因素。如果公司对违纪行为采取不公的处理方式，可能会损害公司的企业文化和形象，进而影响公司的长期发展。
建议
统一处理标准：
- 公司应当制定明确的规章制度，对员工的违纪行为进行统一规定和处理标准。在处理多名员工存在相同违纪行为时，应当遵循相同的处理程序和标准，确保公平、公正。
加强沟通教育：
- 在处理违纪行为时，公司应当加强与员工的沟通教育，了解员工违纪的原因和背景，帮助员工认识到自己的错误并改正。这有助于增强员工的归属感和忠诚度，减少劳动争议的发生。
完善规章制度：
- 公司应当不断完善规章制度，确保其合法性和合理性。同时，公司应当加强对规章制度的宣传和培训，确保员工了解并遵守公司的规章制度。
如果您在处理员工违纪行为时遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。