员工长期迟到早退，公司不能直接开除，需视具体情况和公司规章制度而定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《劳动合同法》的保护：
根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位在解除劳动合同时必须遵循法定程序和条件。直接因迟到早退开除员工，若未遵循法定程序或规章制度不合法，可能构成违法解除劳动合同，需承担相应法律责任。
“严重违反规章制度”的界定：
- 若公司规章制度明确规定“累计X次迟到/早退视为严重违纪”，且该制度经民主程序制定并公示，员工知晓并同意，则可作为合法解雇依据。
- 规章制度内容不得违反法律法规强制性规定，如最低工资标准、工作时间等。
- 处罚措施应与违纪程度相当，首次轻微违纪不宜直接开除，应设置梯度处罚机制。
二、合法解雇的必要条件
证据链完整性：
- 公司需提供打卡记录、监控视频、员工书面承认材料等客观证据，证明员工长期迟到早退。
- 证人证言需形成完整证明体系，避免单一证据不足。
程序正义：
- 事前告知义务：公司应提前通过书面形式明确考勤标准及违规后果，确保员工知晓。
- 听证权利保障：给予员工申辩机会，并记录谈话内容，确保程序公正。
- 工会参与程序：涉及重大处分时，应通知工会组织，听取工会意见。
三、特殊情况处理
不可抗力因素：
- 如员工因突发疾病、交通事故、家庭紧急事务等不可抗力因素导致迟到早退，公司应人性化处理，避免直接开除。
- 员工需提供相关证明材料，如医院诊断证明、交警部门责任认定书等。
特殊岗位弹性管理：
- 对于外勤人员、创意类岗位、高管层等特殊岗位，公司可实行弹性管理，如报备制考勤、灵活工作时间、目标管理考核制等。
四、风险防控建议
制度优化：
- 设置梯度处罚机制，如警告、扣薪、停职、解雇等，根据违纪程度逐步升级处罚。
- 建立“首违不罚”容错机制，对于首次轻微违纪的员工，给予改正机会。
- 明确旷工与迟到的区分标准，避免混淆处理。
管理替代方案：
- 实施弹性工作制改革，提高员工工作积极性和满意度。
- 提供通勤补贴或班车服务，减少员工因通勤问题导致的迟到早退。
- 开展时间管理培训课程，帮助员工提高时间管理能力。
五、法律救济途径
如果员工认为公司因迟到早退开除自己的行为不合法，可以采取以下救济途径：
- 先与公司协商解决，寻求合理补偿或复职机会。
- 协商不成时，向劳动监察部门投诉，请求部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
举例说明：
- 案例一：公司规章制度明确规定“连续旷工3天或累计旷工5天属于严重违纪”，员工小张累计旷工达到了5天，且公司有证据证明规章制度合法有效且小张知晓该规定。此时，公司可以辞退小张且不用支付补偿。
- 案例二：公司没有正式的员工手册规定旷工的处理办法，仅口头告知员工旷工3天要辞退。员工小李旷工3天后被辞退，小李可以申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
综上所述，员工长期迟到早退公司不能直接开除，需确保规章制度的合法性与合理性、遵循法定程序、充分考虑员工行为的严重性以及是否存在正当理由。员工在面临开除决定时，也应了解自己的合法权益并寻求适当的法律救济途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。