结论：员工都有迟到但只处罚1人的做法，在一般情况下是不合理的，可能涉及违法。具体是否违法，需结合实际情况判断，包括公司规章制度、处罚的公平性、合理性以及是否违反相关法律法规等。
分析：
公司规章制度的角度：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，它应当明确、具体，并且符合法律法规的规定。如果公司规章制度中明确规定了迟到的处罚措施，并且这些措施是公平、合理的，那么公司有权依据规章制度对迟到的员工进行处罚。
- 然而，如果规章制度中没有明确规定只处罚部分迟到员工，或者处罚措施存在不公平、不合理的情况（如只处罚某一特定员工或某一特定群体的员工），那么公司的处罚行为就可能违反规章制度本身，也难以得到员工的认可和支持。
公平性和合理性的角度：
- 公平性是法律原则之一，它要求在处理相同情况时应当给予相同的待遇。如果公司对所有迟到的员工都采取相同的处罚措施，那么这是公平的。但如果只处罚部分员工，而其他员工却未受到任何处罚，这就可能构成不公平对待。
- 合理性也是判断公司处罚行为是否合法的重要标准。公司的处罚措施应当与员工的违纪行为相适应，既不过轻也不过重。如果公司只处罚部分迟到员工，而这部分员工的违纪行为与其他未受处罚的员工并无显著差异，那么这种处罚就可能缺乏合理性。
相关法律法规的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司只处罚部分迟到员工的行为违反了上述法律法规的规定，或者未按照法定程序制定、修改规章制度，那么这种处罚行为就可能被视为违法。
建议：
- 对于公司：公司应当制定公平、合理的规章制度，并确保这些规章制度符合法律法规的规定。在处罚迟到员工时，应当确保处罚的公平性和合理性，避免只处罚部分员工而引发不必要的法律纠纷。
- 对于员工：如果员工认为公司的处罚行为不公平、不合理或违法，可以向公司提出异议，并要求公司给予合理的解释和纠正。如果公司拒绝纠正或解释不合理，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
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