结论：胁迫协议超过三年，其处理方式主要取决于是否超过了法律规定的诉讼时效期间，以及胁迫事实的证据情况。以下从不同角度进行分析：
一、诉讼时效期间的角度
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果胁迫协议导致你的权益受损，你需要在知道或应当知道权益受损之日起三年内提起诉讼。
超过诉讼时效的后果：
- 如果胁迫协议已经超过三年，且在这期间你没有提起诉讼或采取其他法律措施来维护自己的权益，那么对方可能会提出诉讼时效抗辩，导致你的诉求可能不被法院支持。
诉讼时效的中断与中止：
- 诉讼时效并非绝对不可变。在某些情况下，如你向对方提出履行请求、对方同意履行义务、你提起诉讼或申请仲裁等，诉讼时效可以中断并重新计算。
- 另外，如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效可以中止，待障碍消除后继续计算。
二、胁迫事实的角度
胁迫的定义与证据：
- 胁迫是指以给公民及其亲友的生命健康、荣誉、名誉、财产等造成损害，或者以给法人的荣誉、名誉、财产等造成损害为要挟，迫使对方作出违背真实的意思表示的行为。
- 要证明胁迫事实的存在，你需要收集相关证据，如胁迫者的威胁言论、行为记录、证人证言等。
胁迫协议的效力：
- 根据法律规定，因胁迫而订立的合同是可撤销的。这意味着，如果你能证明胁迫事实的存在，你可以向法院或仲裁机构申请撤销该协议。
超过三年后的处理：
- 即使胁迫协议已经超过三年，如果你能提供充分证据证明胁迫事实的存在，并且该协议确实违反了你的真实意愿，你仍然可以尝试通过法律途径来维护自己的权益。但需要注意的是，由于超过了诉讼时效期间，你可能会面临更大的举证难度和诉讼风险。
三、建议与措施
尽快咨询专业律师：
- 鉴于胁迫协议的复杂性和法律程序的严谨性，我建议你尽快咨询专业律师，以便更准确地评估你的情况并制定合适的法律策略。
收集并保存证据：
- 无论胁迫协议是否超过三年，你都应该尽力收集并保存与胁迫事实相关的证据。这些证据将是你维护自己权益的关键。
考虑其他法律途径：
- 如果诉讼时效确实已经超过，且无法通过中断或中止来延长，你可以考虑与对方进行协商，寻求和解或其他非诉讼解决方式。
最后，胁迫协议超过三年后的处理方式需要综合考虑诉讼时效期间和胁迫事实的证据情况。如果你面临这样的情况，请尽快向我咨询，以便我能为你提供更具体的法律建议和帮助。