结论：在土地违约金合同中，若写明的年租金千分之五的比例与大写钱数不一致，这通常属于合同条款存在歧义或错误的情况。具体如何处理，需根据合同的其他条款、双方交易习惯、合同目的以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同条款的解释原则：

   • 当合同条款存在歧义或不一致时，首先应遵循的是合同解释原则。这通常包括按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。
   • 在此情况下，若年租金千分之五的比例与大写钱数明显不符，且无法直接通过合同其他条款或交易习惯来明确，则可能需要借助外部证据或双方协商来解释。

2. 大写钱数的法律效力：

   • 在合同中，大写钱数通常被视为对金额的明确和确认，具有较高的法律效力。若大写钱数与比例计算出的金额不一致，且没有其他证据表明比例是双方真实意思的表示，则大写钱数可能被视为双方最终约定的金额。
   • 但这并非绝对，若能证明比例是双方真实意思的表示，且大写钱数是由于笔误或其他非双方真实意思的原因造成的，则比例可能具有更高的法律效力。

3. 可能的法律后果：

   • 若双方无法就违约金金额达成一致，且合同中无其他明确约定，则可能引发合同纠纷。在此情况下，任何一方均有权向法院提起诉讼，要求法院根据合同解释原则、交易习惯以及相关法律法规来确定违约金的金额。
   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑合同的签订背景、双方的真实意思表示、合同目的以及公平原则等因素，来作出公正的裁决。

4. 建议与措施：

   • 双方协商：首先，建议双方尝试通过协商来解决分歧。这可以节省时间和成本，并维护双方的商业关系。
   • 补充协议：若协商成功，双方可以签订补充协议来明确违约金的金额，以避免未来的纠纷。
   • 法律途径：若协商无果，则任何一方均有权向法院提起诉讼或申请仲裁（若合同中有仲裁条款），要求法院或仲裁机构根据相关法律法规和合同解释原则来确定违约金的金额。

示例说明： 假设合同中写明年租金为100,000元，违约金比例为年租金的千分之五，即500元。但大写钱数却写为“伍佰元整”以外的其他金额，如“壹仟元整”。在此情况下，若双方无法就违约金金额达成一致，且合同中无其他明确约定，则可能引发纠纷。法院在审理时，会综合考虑合同的签订背景、双方的真实意思表示等因素，来作出裁决。

进一步思考： 在签订合同时，双方应务必仔细审查合同条款，确保所有条款均明确无误，并符合双方的真实意思表示。对于金额等关键条款，建议同时使用大写和小写来书写，以避免因笔误或其他原因造成的歧义或纠纷。若遇到类似问题，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。