结论：学校以心理疾病为原因让学生签协议是否违法，需根据协议的具体内容、签订过程以及学生的具体情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容合法性角度
协议内容是否违反法律法规：
- 如果协议内容违反了国家法律法规的强制性规定，如侵犯了学生的合法权益、限制了学生的自由等，那么该协议是无效的。例如，如果协议中规定学生因心理疾病必须接受某种特定治疗，而该治疗并非医学上必要或合法，那么这样的条款就是违法的。
协议是否涉及歧视性条款：
- 如果协议中包含对学生因心理疾病而进行的歧视性条款，如限制学生的学业、社交等权利，那么这样的协议也是违法的。学校应当平等对待所有学生，不得因学生的心理疾病而对其进行歧视。
二、签订过程合法性角度
学生是否自愿签订协议：
- 协议的签订必须基于学生的自愿。如果学校以心理疾病为原因，强迫或诱导学生签订协议，那么该协议是无效的。学生有权拒绝签订任何不公平或不合法的协议。
学校是否履行告知义务：
- 学校在签订协议前，应当向学生充分告知协议的内容、目的以及可能产生的法律后果。如果学校未履行告知义务，导致学生在不知情的情况下签订了协议，那么该协议也是可能被撤销的。
三、学生具体情况角度
学生心理疾病的严重程度：
- 如果学生的心理疾病严重到影响其判断能力或行为能力，那么其签订的协议可能是无效的。在这种情况下，学校应当考虑学生的实际情况，避免利用学生的心理疾病进行不公平的协议签订。
学生是否具备签订协议的能力：
- 根据相关法律规定，未成年人或某些特定情况下的人可能不具备签订协议的能力。如果学生属于这类情况，那么其签订的协议可能是无效的。学校在签订协议前，应当对学生的签订能力进行评估。
四、法律建议
审查协议内容：
- 学生和家长在签订协议前，应当仔细审查协议的内容，确保协议不违反法律法规，不包含歧视性条款，且符合学生的实际情况。
咨询专业意见：
- 如果对协议的内容或签订过程存在疑问，学生和家长可以咨询专业律师或相关机构的意见，以确保自己的权益得到保障。
保留证据：
- 在签订协议过程中，学生和家长应当保留好相关证据，如协议文本、沟通记录等，以便在需要时维护自己的权益。
总结：学校以心理疾病为原因让学生签协议是否违法，需根据具体情况综合判断。学生和家长在签订协议前应当仔细审查协议内容、咨询专业意见并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。