结论：合同中规定从押金中扣除使用费，并不直接违反《合同行政监督管理办法》的相关规定，但具体是否违规还需结合合同条款的具体内容、双方约定以及相关法律法规进行综合判断。
分析说明：
合同条款的合法性：
- 合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。因此，如果合同中明确约定了从押金中扣除使用费，且这一约定不违反上述原则，那么该条款本身是合法的。
押金与使用费的关系：
- 押金通常是为了保证合同的履行或作为对可能产生的损失的赔偿而预先支付的一笔款项。使用费则是因使用租赁物而产生的费用。如果合同中明确规定了使用费的计算方式和支付方式，并且双方对此达成一致，那么从押金中扣除使用费可以视为一种支付方式，只要这种支付方式不违反合同约定和法律规定，就是可行的。
《合同行政监督管理办法》的相关规定：
- 《合同行政监督管理办法》主要规范的是合同的签订、履行、变更、解除等行为，以及合同行政监督管理的职责、权限和程序等。它并没有直接规定押金和使用费的具体处理方式。因此，合同中规定从押金中扣除使用费，并不直接违反该办法的规定。
可能存在的风险点：
- 尽管合同中规定从押金中扣除使用费可能不违反上述规定，但双方仍需注意以下几点：一是合同条款必须明确、具体，避免产生歧义；二是扣除使用费前应确保押金金额足够，且扣除后应剩余足够的押金以保障合同的继续履行或赔偿可能产生的损失；三是如果合同中有关于押金退还的特别约定，应确保扣除使用费后不影响押金的退还。
法律建议：
- 审查合同条款：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保押金和使用费的约定明确、具体，且不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗。
- 保留相关证据：在合同履行过程中，双方应保留好与押金和使用费相关的证据，如支付凭证、扣除通知等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
- 及时沟通协商：如果双方对押金和使用费的扣除存在争议，应及时沟通协商，寻求解决方案。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决争议。
后续行动建议：
- 如果您对合同中的押金和使用费条款存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，我可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
- 在签订或履行合同过程中，如果遇到任何法律问题或纠纷，也可以随时向我咨询，我会尽力为您提供专业的法律帮助。