结论：招标代理机构代理费原则上不应由中标人承担，除非招标文件中有明确说明并由投标人接受。若招标文件未明确说明或投标人未接受该条件，而要求中标人承担代理费，则可能违反了《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例中关于确保招标过程公平、公正和透明的原则，以及《中华人民共和国民法典》中关于合同自由和意思自治的原则（在未达成合法有效约定的情况下）。
详细分析：
法律法规背景：
- 《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例并未明确规定招标代理费的具体承担主体。然而，这些法律法规强调了招标过程的公平、公正和透明，要求保护投标人的合法权益。若招标文件未明确说明代理费由中标人承担，而事后要求中标人支付，可能构成对投标人权益的不当侵害，违反了法律精神。
- 《中华人民共和国民法典》中的合同自由和意思自治原则，允许当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗的前提下，自由约定合同内容。因此，如果招标文件明确说明了代理费由中标人承担，并且投标人参与投标即视为接受该条件，那么该约定具有法律效力。但若无此明确约定，则不能单方面要求中标人承担。
招标代理费的性质与产生：
- 招标代理费是招标代理机构为提供专业服务（如编制招标文件、组织开标评标等）所收取的费用，其性质属于服务费用。这笔费用是基于招标人与招标代理机构之间的委托关系产生的，与中标方无直接关系。因此，原则上应由招标人承担，除非有特别约定。
实际操作中的惯例与约定：
- 在实际操作中，除非招标文件有特别约定，否则招标代理费通常由招标人负责支付。这是基于招标代理服务的性质、法律法规的规定以及行业惯例得出的结论。
- 如果招标文件明确规定了代理费由中标人承担，并且投标人参与投标即视为接受该条件，那么中标后需按规定支付。但这种情况需要招标文件有明确的说明，并且投标人在投标时已经知晓并接受了这一条件。
可能的法律后果：
- 如果招标文件未明确说明代理费由中标人承担，而事后要求中标人支付，中标人有权拒绝支付，并可能因此引发纠纷。在这种情况下，招标人可能需要承担违约责任或面临其他法律后果。
- 如果招标文件明确说明了代理费由中标人承担，但投标人认为该约定违反了法律法规或公平原则，可以在投标前提出异议或寻求法律救济。
建议：
- 对于招标人而言，应在招标文件中明确招标代理费的承担方式，以避免后续争议。如果希望由中标人承担代理费，应在招标文件中明确说明，并确保投标人在投标时已经知晓并接受了这一条件。
- 对于投标人而言，在参与投标前应仔细阅读招标文件，了解招标代理费的承担方式。如果认为该约定不合理或违反了法律法规，可以在投标前提出异议或寻求法律救济。
- 如果双方在招标文件或合同中没有明确约定代理费的承担方式，或者约定不明确导致争议，应及时咨询法律专业人士以获取具体的法律意见和帮助。
如有任何关于建设工程或合同纠纷的法律问题，欢迎直接向我咨询。