针对您提出的“签署不定时工作制但要打卡怎么办”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益与用人单位管理规定的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、不定时工作制的基本概念
不定时工作制是一种因工作性质特殊，无法按标准工作时间衡量的工时制度。它主要适用于高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，以及长途运输人员、出租汽车司机等因工作性质特殊需机动作业的职工。
二、不定时工作制与打卡的关系
打卡的普遍性：打卡是用人单位管理员工出勤的一种常见方式，它有助于记录员工的工作时间，确保员工按时到岗和离岗。
不定时工作制下的打卡：虽然不定时工作制不强调固定的工作时间，但用人单位为了管理需要，可能仍然会要求员工打卡。这种情况下，打卡更多是为了记录员工的出勤情况，而非严格限制其工作时间。
打卡与加班费的关联：在不定时工作制下，员工的工作时间通常是不固定的，因此加班费的计算也相对复杂。如果用人单位要求打卡，但并未根据打卡记录合理计算加班费，这可能涉及侵犯劳动者权益的问题。
三、您的权益与应对措施
了解合同内容：首先，您需要仔细阅读与用人单位签订的劳动合同，确认其中关于工时制度、打卡要求以及加班费计算等条款的具体内容。
与用人单位沟通：如果您对打卡要求或加班费计算有疑问，建议与用人单位的人力资源部门或直接上级进行沟通，明确双方的权利和义务。
保留证据：如果用人单位存在滥用不定时工作制、拒付加班费等违法行为，您应保留好相关证据，如打卡记录、工作记录、沟通记录等，以备后续维权之需。
寻求法律援助：如果与用人单位的沟通无果，您可以向所在地的劳动监察部门举报，或者提起劳动仲裁进行追索。在必要时，也可以寻求专业律师的法律援助。
四、用人单位的合规建议
对于用人单位而言，如果确实需要实行不定时工作制并要求员工打卡，应确保以下几点：
合法审批：确保已按照相关规定向劳动行政部门申请并获得了不定时工作制的审批。
合理公示：将不定时工作制的相关规定、打卡要求以及加班费计算方式等向员工进行公示，确保员工知情并同意。
公平计算：根据员工的实际工作时间和打卡记录，合理计算加班费，确保员工的合法权益不受侵犯。
综上所述，签署不定时工作制但要求打卡并不矛盾，关键在于用人单位如何合理管理和计算员工的工作时间及加班费。如果您对此有任何疑问或担忧，建议及时与用人单位沟通并寻求法律援助。