当您在申请劳动能力鉴定时遇到公司不配合的情况，确实会让人感到困扰，但请放心，您仍然有多种途径可以有效维护自己的合法权益。以下是一些详细且有条理的建议，希望能帮助您顺利解决问题：

一、自行收集并整理关键证据

1. 劳动关系证据：

   • 劳动合同：这是最直接的证明您与公司存在劳动关系的文件。
   • 工资支付记录：如银行流水、工资条等，可以证明您的收入来源及与公司之间的经济往来。
   • 工作证、考勤记录：这些也能辅助证明您的劳动关系。
   • 同事的证人证言：如果有同事愿意为您作证，他们的证言将是非常有力的证据。

2. 工伤事实证据：

   • 事故现场的照片、视频：这些能直观展示工伤发生的场景和情况。
   • 医院的诊断证明和病历：这是证明您受伤情况和治疗过程的重要文件。
   • 知情者的证人证言：除了同事，其他在场或了解情况的人也可以提供证言。

二、申请劳动仲裁确认劳动关系（如公司否认）

如果公司否认与您存在劳动关系，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁，通过法律程序来确认劳动关系的存在。这是后续申请工伤认定和劳动能力鉴定的基础。

三、向劳动保障行政部门申请工伤认定

1. 准备申请材料：

   • 填写《工伤认定申请表》，并附上您收集的所有证据材料。
   • 提交给用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门（通常为人力资源和社会保障局）。

2. 利用行政部门的权力：

   • 劳动保障行政部门有权要求公司提供必要材料。如果公司拒不配合，行政部门可以依法对公司进行处罚。
   • 行政部门会根据您提供的证据或调查取得的证据作出工伤认定决定。

四、注意时效问题

请务必在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出工伤认定申请。这是法律规定的时效期限，超过这个期限可能会影响您的权益。

五、进行劳动能力鉴定

完成工伤认定后，如果您的伤情稳定且存在残疾、影响劳动能力，您可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。这将帮助确定您的伤残等级和享受相应的工伤保险待遇。

六、依法追求赔偿

一旦工伤认定和劳动能力鉴定完成，您可以根据鉴定结果依法享受工伤保险待遇。如果公司未依法缴纳工伤保险费，原本由工伤保险基金支付的部分将由公司承担。如果公司拒绝支付，您可以通过劳动仲裁或向法院提起诉讼等法律途径追讨赔偿。

七、寻求外部帮助

1. 工会协助：如果公司有工会组织，您可以请求工会介入调解，促使公司配合工伤鉴定和赔偿事宜。
2. 劳动监察投诉：向当地劳动监察部门投诉公司的不配合行为，要求其进行监督检查并责令改正。

八、了解相关法律法规

建议您熟悉《工伤保险条例》、《工伤认定办法》等相关法律法规，明确自己的权利和义务。这将有助于您更有效地维护自身权益，并在与公司的交涉中占据有利地位。

总之，面对公司不配合劳动能力鉴定的情况，您应保持冷静，积极收集证据，依法依规进行申请和维权。通过综合运用劳动仲裁、行政举报、法律诉讼等手段，您一定能够有效保护自己的合法权益，获得应有的工伤保险待遇。如果在这个过程中遇到任何困难或疑问，不妨考虑寻求专业律师的帮助。