针对您提出的“工人违章操作发生工厂损失怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使工人因违章操作造成了工厂的损失，并且这一行为可能同时导致了工人自身的工伤，但在工伤赔偿方面，我国实行的是无过错责任原则。这意味着，无论工人在工作过程中是否存在违章操作等过错行为，只要符合《工伤保险条例》规定的工伤认定情形，工人就有权按照正常的工伤赔偿程序获得赔偿。

一、工伤认定与赔偿原则

1. 工伤认定：根据《工伤保险条例》，工伤认定主要关注的是事故是否发生在工作时间、工作场所内，以及是否因工作原因导致。只要满足这些条件，即使工人存在违章操作，也应被认定为工伤。

2. 赔偿原则：工伤赔偿实行无过错责任原则，即不论工人是否有过错，用人单位或工伤保险基金都应承担相应的赔偿责任。但需要注意的是，工人的过错程度可能会影响赔偿的具体金额和方式，尤其是在涉及工厂直接经济损失的情况下。

二、赔偿流程与项目

1. 工伤认定申请：工厂或工人应在事故发生后及时向社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是获得工伤赔偿的第一步。

2. 劳动能力鉴定：在工人伤情稳定后，应进行劳动能力鉴定，以确定伤残等级和生活自理障碍程度。这将直接影响赔偿金额的计算。

3. 赔偿项目：

   • 工伤保险基金支付：包括医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、伤残辅助器具费用、生活护理费、一次性伤残补助金等。
   • 用人单位支付：包括治疗期间的工资福利、伤残津贴（五级、六级伤残）、一次性伤残就业补助金等。

三、工厂损失的赔偿处理

1. 工厂直接经济损失：如果工人的违章操作导致了工厂的直接经济损失，如设备损坏、产品报废等，这部分损失通常不由工伤保险基金承担。工厂可以根据内部规章制度或劳动合同中的约定，向工人追偿部分或全部损失。但需要注意的是，追偿的金额和方式应合理合法，不得侵犯工人的合法权益。

2. 协商与调解：在处理工厂损失赔偿问题时，建议工厂与工人进行协商或寻求第三方调解。通过友好沟通，双方可以达成更为合理和可行的赔偿方案。

3. 法律途径：如果协商或调解无果，工厂可以通过法律途径解决争议。这包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。

四、建议与注意事项

1. 加强安全教育：工厂应加强对工人的安全教育和培训，提高工人的安全意识和操作技能，减少违章操作的发生。

2. 完善内部规章制度：工厂应制定完善的内部规章制度，明确违章操作的后果和赔偿责任，以便在发生事故时能够迅速、公正地处理。

3. 咨询专业律师：在处理复杂的工伤赔偿和工厂损失赔偿问题时，建议工厂咨询专业律师或相关机构以获取更准确的指导和帮助。

综上所述，即使工人因违章操作造成了工厂的损失，但在工伤赔偿方面，工人仍享有获得相应赔偿的权利。同时，工厂也有权根据内部规章制度或劳动合同中的约定向工人追偿部分或全部直接经济损失。在处理这类问题时，建议双方保持冷静、理性沟通，并寻求专业律师的帮助以确保自身权益得到充分保障。