结论：在农村自建房包工包料建二层，且合同中已写明工人事故由包工头负责的情况下，房主是否担责需结合具体情形判断，并非绝对不担责。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同条款的效力与限制

1. 合同内部效力
   若合同系双方真实意思表示，且不违反法律强制性规定（如未强制要求包工头具备资质），则“工人事故由包工头负责”的条款在房主与包工头之间具有约束力。包工头需按约定承担赔偿责任。

2. 合同外部效力
   该条款不能对抗第三人（即受伤工人）。根据《民法典》第1192条，工人因劳务受损时，仍可根据双方过错向包工头或房主主张权利。合同条款仅影响房主与包工头之间的责任分担，不直接免除房主对工人的法律责任。

二、房主可能担责的情形

1. 选任过失
   若包工头无相应施工资质（如未取得乡村建设工匠资格），而房主明知或应知仍发包，需根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第11条，与包工头承担连带赔偿责任。
   示例：房主将二层房屋工程交给无资质的个体包工头，施工中因脚手架搭建不规范导致工人坠亡，房主需与包工头共同赔偿。

2. 指示过失
   若房主直接干预施工（如要求包工头缩减安全措施、使用劣质材料），导致事故发生，需根据过错程度承担相应责任。
   示例：房主为节省成本，要求包工头减少钢筋用量，导致房屋倒塌伤人，房主需承担主要责任。

3. 合同未覆盖的特殊情形
   若事故由房主提供的材料缺陷（如劣质水泥导致墙体坍塌）或房主自有设备（如临时用电线路老化）引发，房主需直接承担赔偿责任。

三、房主免责的情形

若满足以下条件，房主通常不担责：

1. 包工头具备合法资质（如乡村建设工匠证书）；
2. 房主未干预施工过程（如未指定施工方法、未提供材料）；
3. 事故完全由工人自身过错（如违规操作）或包工头管理不善导致。
   示例：有资质的包工头施工，工人未系安全带高空作业坠亡，房主无过错不担责。

四、风险防范建议

1. 对房主：

   • 优先选择有资质的包工头，签订书面合同并明确安全责任条款；
     
   • 避免直接参与施工管理或提供材料，保留发包凭证（如转账记录、合同）；
     
   • 要求包工头为工人购买工伤保险或雇主责任险。

2. 对包工头：

   • 确保施工人员具备相应技能，定期开展安全培训；
     
   • 为高风险作业配备防护设备（如安全带、脚手架）；
     
   • 购买工伤保险或商业意外险，转移赔偿风险。

3. 对工人：

   • 要求雇主提供安全防护措施，拒绝执行危险指令；
     
   • 发生事故后及时固定证据（如现场照片、医疗记录），通过调解或诉讼维权。

五、争议解决途径

1. 协商调解：通过村委会、乡镇司法所或人民调解委员会组织调解；
   
2. 诉讼维权：向事故发生地基层法院提起民事诉讼，主张医疗费、误工费、残疾赔偿金等；
   
3. 工伤认定：若包工头与工人构成劳动关系（如长期雇佣），可申请工伤认定并享受工伤保险待遇。

结语：农村自建房事故责任划分需结合具体事实与法律要件综合判断。建议您在签订合同前明确各方权责，施工过程中强化安全意识，避免因疏忽导致法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。