若仲裁机构以被申请人主体不适格为由不予受理，法院的判决结果需根据具体案情及诉讼程序中的主体资格审查情况综合判定，常见情形如下：

1. 法院对仲裁不予受理的司法审查
   根据《仲裁法》第20条，当事人对仲裁协议效力有异议可请求仲裁委或法院裁定。若仲裁机构以主体不适格为由直接不予受理（未进入实体审理），当事人可向法院起诉。此时法院需对仲裁协议效力及主体资格进行独立审查：

   • 若法院认定主体适格：仲裁协议有效，法院应驳回起诉，告知当事人重新申请仲裁（参考《仲裁法》第5条“或裁或审”原则）；
     
   • 若法院认定主体不适格：仲裁协议无效，法院可继续审理案件实体问题（参考《仲裁法解释》第12条）。

2. 诉讼程序中主体资格的实质审查
   若案件直接进入诉讼程序，法院需依据《民事诉讼法》第122条审查原告是否与本案有直接利害关系、被告是否明确。例如：

   • 被告主体错误：如原告将不具备民事行为能力的自然人列为被告，或起诉已注销的法人，法院应裁定驳回起诉（参考《民诉法解释》第208条）；
     
   • 被告主体遗漏或错误追加：法院可依职权或根据当事人申请追加/变更被告，若原告拒绝变更，则驳回起诉（参考《民诉法解释》第232条）。

3. 特殊情形下的处理规则

   • 必要共同诉讼：若遗漏必要共同诉讼人（如继承人、合伙人），法院应通知其参加诉讼；原告拒绝追加的，法院可裁定驳回起诉（参考《民诉法解释》第73条）；
     
   • 第三人撤销之诉：若案外人对生效裁判提出异议，需符合《民事诉讼法》第59条规定的主体条件，否则法院不予受理。

实务建议：

1. 起诉前需严格审查被告主体资格，可通过国家企业信用信息公示系统、裁判文书网等渠道核实被告存续状态及诉讼能力；
   
2. 若仲裁机构不予受理，应在收到通知后15日内向法院起诉，避免超过诉讼时效；
   
3. 诉讼中如发现主体问题，应及时申请变更或追加当事人，防止程序瑕疵导致败诉。
   

如有具体案情需进一步分析，可直接向我咨询。