建筑行业以合同为准开具发票是合法的，但需满足以下条件并注意相关事项：

1. 合同真实有效且内容合法
   发票的开具必须以真实、合法、有效的合同为基础。若合同本身存在无效情形（如恶意串通损害国家利益、违反法律强制性规定等），则基于该合同开具的发票可能被认定为无效，甚至涉及虚开发票等违法行为。

2. 合同内容与发票内容一致
   发票上记载的货物或服务名称、数量、金额等必须与合同约定完全一致。若合同约定的是“建筑工程施工”，但发票开具为“材料销售”，则可能因“票货不符”被税务机关认定为虚开发票，面临补税、罚款甚至刑事责任。

3. 业务实际发生且资金流匹配
   发票的开具需以实际发生的业务为前提，且资金流向应与合同、发票一致。例如，若合同约定甲方支付工程款至乙方账户，但实际付款至第三方账户，可能被税务机关质疑业务真实性，要求提供补充证明材料。

4. 遵守税务登记与申报规定
   建筑企业需依法办理税务登记，并按期申报纳税。即使以合同为准开具发票，也需确保纳税申报数据与发票数据一致，避免因“票表不符”引发税务风险。

特殊情形下的注意事项：

• 分包与转包：若建筑企业将工程分包或转包，需确保分包合同合法有效，且发票由实际提供服务的一方开具。若总包方代开发票，可能涉及虚开发票风险。
• 跨区域经营：建筑企业跨省、市施工时，需按税务机关要求办理《跨区域涉税事项报告表》，并在工程所在地预缴税款，否则可能影响发票开具与抵扣。
• 合同变更：若合同内容发生变更（如工程量增减、价款调整），需及时签订补充协议，并同步调整发票内容，避免因“合同与发票不一致”引发纠纷。

建议：
为确保合法合规，建筑企业应：

1. 严格审查合同条款，确保内容合法、明确；
   
2. 建立发票管理制度，规范发票开具、接收与保管流程；
   
3. 定期自查税务合规性，必要时咨询税务机关或专业律师。
   

如有具体合同或发票问题，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。