针对您提出的“不定时工作制劳动部门不备案怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，企业实行不定时工作制是需要向劳动部门进行备案的，这是确保企业合法合规运营，保障员工权益的重要步骤。如果劳动部门没有进行备案，企业可能会面临一定的法律风险，同时也可能影响到员工的正常权益。
一、了解备案程序和所需材料
根据相关规定，企业办理不定时工作制备案需要准备以下材料：
备案程序一般包括填写审核备案登记表、提交申请报告和实施方案等步骤。企业应确保所提交的材料真实、完整、准确。
二、与劳动部门沟通
如果发现劳动部门没有进行备案，企业应首先与劳动部门进行沟通，了解具体原因。可能是材料不齐全、填写有误，或者是劳动部门内部流程问题等。通过沟通，企业可以明确问题所在，并据此进行改进。
三、补充材料或重新申请
如果是因为材料不齐全或填写有误导致备案未成功，企业应根据劳动部门的反馈，及时补充材料或重新填写申请表，并再次提交备案申请。
四、寻求法律援助或投诉
如果与劳动部门沟通后问题仍未得到解决，或者企业认为劳动部门存在不作为、违规操作等情况，企业可以考虑寻求法律援助或向相关部门进行投诉。在投诉时，企业应提供充分的证据和材料，以支持自己的主张。
五、加强内部管理
为了避免类似问题的再次发生，企业应加强内部管理，确保在实行不定时工作制前，充分了解并遵守相关法律法规和政策要求。同时，企业还应建立完善的员工沟通机制，确保员工对不定时工作制的理解和接受，并保障员工的合法权益。
综上所述，如果企业发现劳动部门没有对不定时工作制进行备案，应及时与劳动部门沟通、补充材料或重新申请、寻求法律援助或投诉，并加强内部管理以避免类似问题的再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。