当员工生病长期不能上班时，这是一个涉及员工权益保护和公司运营管理的复杂问题，需要双方依据相关法律法规和公司规章制度来妥善处理。以下是从员工和公司两个角度出发，给出的详细解答：
员工角度
及时通知与请假申请：
- 员工在生病后，应尽快通过公司认可的方式（如电话、电子邮件或内部系统）告知直接上级或人力资源部门，说明病情及预计需要休息的时间。
- 提交请假申请时，需按照公司规定提供相应证明，如医院开具的诊断证明、病历等。对于长期病假，可能还需要填写详细的请假申请表，并附上病情说明和医院诊断证明等相关材料。
了解医疗期规定：
- 员工应查阅当地劳动法规和公司规章制度，明确自己依法享有的医疗期时长。医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限，其长短根据职工实际工作年限和在本单位工作年限来确定，最长可达24个月。
病假期间与公司沟通：
- 在病假期间，员工应与公司保持沟通，及时更新病情和治疗进展，协商后续工作安排，如远程工作或部分工作的交接等。
- 若需要长期治疗，员工应与公司就医疗期内的工资待遇、工作岗位等事项进行协商，确保自己的权益不受损害。
关注劳动能力鉴定：
- 如果预计长期不能上班，且病情可能影响劳动能力，员工可以向当地劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。鉴定结果对于后续确定能否继续从事原工作、调整工作岗位以及是否能享受相关工伤或非工伤待遇等都有重要意义。
公司角度
核实与处理病假申请：
- 公司接到员工病假通知后，应要求员工提供相关证明以核实病情的真实性，并按照公司规定和法律法规审核病假申请。
- 如病假申请符合规定，公司应批准员工的病假，并安排其他员工暂时接替该员工的工作，确保公司的正常运转。
支付病假工资与福利待遇：
- 根据国家和地方的相关法律法规以及公司的规章制度，公司应向请病假的员工支付一定比例的病假工资，通常不低于当地最低工资标准的一定比例（如80%）。具体支付标准和期限可能因地区和单位政策而异。
- 公司在员工病假期间应继续为其缴纳社会保险，包括医疗保险，确保员工享受相应的医疗待遇。其他福利待遇如住房公积金等也应继续缴纳。
关注员工健康状况与后续处理：
- 在员工病假期间，公司可以通过适当方式关心员工的健康状况，体现公司的人文关怀。
- 医疗期结束后，若员工不能从事原工作，公司可与员工协商调整工作岗位或提供培训，以帮助员工重新适应工作。若员工仍旧无法从事原工作或公司另行安排的工作，公司可依法与员工解除劳动合同，并支付经济补偿金。经济补偿的具体数额和支付方式应根据当地法律法规和单位政策来确定。
建立完善的病假管理制度：
- 公司应建立完善的病假管理制度，明确病假的申请、审批、待遇等相关事项，确保病假管理的规范化和透明化。
- 在处理员工病假申请时，公司应尊重员工的隐私权，不得泄露员工的病情信息。
双方共同注意事项
- 保持沟通：在整个过程中，员工与公司应保持良好的沟通，共同协商寻求最合理的解决办法。
- 遵守法律法规：双方都应遵守相关法律法规和公司规章制度，确保各自的权益得到保障。
- 关注病情变化：双方应定期跟踪了解病情和治疗进展，及时调整工作安排或休假计划。
综上所述，员工生病长期不能上班时，双方应相互理解、支持与合作，通过有效沟通、合理安排工作或休假、共同寻求最合理的解决方案来妥善处理相关问题。