关于司机以出车次数计算工资时是否还有加班费的问题，结论如下：
有明确约定加班费计算方式包含出车次数相关收益时：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确规定，司机的加班费计算基数包含因出车次数而获得的收益（如出车补贴、按次计酬的额外部分等），那么司机在加班时，其加班费就应当包含这部分收益。这是基于双方自愿达成的协议，具有法律效力，用人单位需按照约定支付加班费。
无明确约定加班费计算方式时：
- 若劳动合同或公司规章制度中未明确规定加班费计算基数包含出车次数相关收益，那么通常情况下，加班费是按照司机正常出勤的月工资（一般不包括一次性奖金、车补等特殊项目，除非这些项目被明确纳入工资组成部分）来确定计算标准的。
- 在这种情况下，即使司机的工资是按出车次数计算的，加班费也并不直接等同于出车次数的额外收益。加班费主要是根据司机的工作时长和法定加班费标准来计算的，旨在补偿司机因加班而额外付出的劳动。
详细分析：
加班费的法律基础：
- 根据《劳动法》的相关规定，员工的工作时间超过法定时长后，用人单位需向员工额外支付加班费。这是保障劳动者合法权益的重要措施。
司机工资的特殊性：
- 司机的工资计算方式可能因行业特点而有所不同，如按里程数、固定发放、按出车次数或按出车时间等。然而，无论工资计算方式如何，加班费都是劳动者应得的法定权益，不受工资计算方式的影响。
出车次数与加班费的关系：
- 出车次数可能作为司机工资计算的一个因素，但它并不直接决定加班费的计算。加班费的计算主要依据的是司机的工作时长和法定加班费标准。
- 如果出车次数与司机的实际工作时长紧密相关（如每次出车都有明确的时间记录），且这些时间记录被用于计算加班费，那么出车次数可以间接影响加班费的数额。但这种情况下，加班费仍然不是直接基于出车次数计算的，而是基于工作时长。
法律建议：
明确劳动合同条款：
- 司机在与用人单位签订劳动合同时，应明确约定工资的计算方式、加班费的计算基数和标准等条款。这有助于避免未来因工资和加班费问题产生的争议。
保留相关证据：
- 司机应保留与出车次数、工作时长等相关的证据（如出车记录、工作时长记录等）。这些证据在未来可能用于证明加班事实和计算加班费。
及时咨询法律专业人士：
- 如果司机对工资和加班费问题存在疑问或争议，应及时咨询法律专业人士（如我，杨启浩律师，专注于劳动纠纷领域）。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
可能产生的法律后果：
- 如果用人单位未按照法律规定支付加班费，司机有权向劳动争议仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，要求用人单位支付拖欠的加班费及可能的赔偿金。
- 如果司机与用人单位就加班费问题产生争议且无法协商解决，可能会影响双方的关系和工作氛围。因此，建议双方在签订劳动合同时就相关条款进行明确约定，并在工作过程中保持良好沟通。