司机等待时间是否算加班，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
弹性工作制下的认定：
- 如果用人单位实行不定时工作制或综合计算工时制，并已进行备案，或者司机岗位本身具有机动性、工作时间具有弹性，那么可以认定司机实际执行的是弹性工作制。
- 在弹性工作制下，是否存在加班不宜简单用时间长短去认定，而应综合考虑司机是否实际提供了劳动以及行业或岗位的劳动特点。例如，若司机在等待时间中并未实际提供驾驶服务，且用人单位为司机提供了休息的条件，那么这段时间可能不被认定为加班。
工作强度与休息安排的考量：
- 对于司机岗位，需综合工作强度（是否存在一直工作的状态）及休息安排来认定延长工作时间是否妥当。若司机在等待时间中虽然处于待命状态，但并未承担实际驾驶任务，且用人单位为其提供了合理的休息条件，那么这段时间可能不被视为加班。
- 然而，若司机在等待时间中仍需保持高度警觉，随时准备投入驾驶工作，且这种等待时间频繁发生，导致司机无法得到充分休息，那么这段时间可能被视为加班的一部分。
加班补贴与计薪方式的影响：
- 若用人单位已给予司机相关的加班补贴，或者约定的计薪方式已考虑到司机可能在夜班、节假日工作的特殊性，使得司机的相关权益已获得保障，那么一般来说，无需再支付延长工作时间的加班费。
- 但这并不意味着所有情况下司机等待时间都不算加班。如果用人单位的加班补贴或计薪方式并未合理反映司机的工作强度和劳动时间，那么司机仍有权主张加班费。
法律建议：
- 司机应仔细阅读与用人单位签订的劳动合同，了解其中关于工作时间、加班费等条款的约定。
- 若司机认为自己的等待时间应被视为加班并主张加班费，可与用人单位进行协商。协商不成时，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
- 在此过程中，司机应保留好相关证据，如工作记录、加班申请单、工资条等，以证明自己的主张。
综上所述，司机等待时间是否算加班需根据具体情况综合判断。若司机对此有疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询。