将员工的底薪拿出来做绩效是否合法，这主要取决于公司的具体做法以及是否遵循了相关法律法规的规定。以下从几个关键角度进行分析：

1. 劳动合同与集体合同的约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立的劳动合同中，应当明确约定劳动报酬等条款。如果劳动合同或集体合同中已经明确约定了底薪的数额和支付方式，那么用人单位单方面将底薪拿出来作为绩效工资，可能构成对劳动合同的变更，需要与劳动者协商一致，并采用书面形式进行变更。
   • 若未经协商一致，单方面变更底薪结构可能违法。

2. 最低工资标准的保障：

   • 无论底薪如何调整，用人单位支付给劳动者的工资都不得低于当地的最低工资标准。如果将底薪全部或部分拿出来作为绩效工资，导致劳动者实际收到的工资低于最低工资标准，那么这种做法就是违法的。
   • 确保调整后的工资不低于最低工资标准是合法的前提。

3. 绩效工资的合理性与透明度：

   • 绩效工资应当与劳动者的工作业绩、劳动成果等直接相关，并且用人单位应当制定合理的绩效考核制度，明确考核标准、考核程序等，确保绩效工资的发放公平、公正、透明。
   • 如果绩效工资的设定缺乏合理性或透明度，可能引发劳动纠纷。

4. 实际操作中的建议：

   • 用人单位在调整工资结构时，应当充分与劳动者沟通，解释调整的原因和目的，确保劳动者理解并同意调整方案。
   • 同时，用人单位应当完善绩效考核制度，确保考核过程公开、公平、公正，避免因为绩效工资的发放而引发不必要的劳动纠纷。

举例说明：假设某员工的劳动合同中明确约定了底薪为5000元/月，现在公司希望将其中2000元作为绩效工资，根据工作业绩进行发放。在这种情况下，公司需要与员工进行协商，并达成一致意见后，才能对劳动合同进行变更。同时，公司需要确保即使员工在绩效考核中表现不佳，其实际收到的工资也不得低于当地的最低工资标准。

总结与建议：将员工的底薪拿出来做绩效并非绝对违法，但必须遵循相关法律法规的规定，确保劳动合同的变更经过协商一致、工资不低于最低工资标准、绩效工资的设定合理且透明。如果你或你所在的公司正面临类似的问题，或者有任何关于劳动纠纷的疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。