关于“超过追诉期限的案子如何处理”的问题，这是一个涉及刑事诉讼中追诉时效制度的重要法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、追诉期限的基本概念与法律规定
追诉期限，是刑法中规定对犯罪人进行刑事追究的有效时间限制。这一期限是根据犯罪的法定最高刑来确定的，旨在保障法律的公正性、稳定性以及人权。《中华人民共和国刑法》第八十七条明确规定了不同法定最高刑对应的追诉期限，例如：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉期限为五年；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉期限为十年；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉期限为十五年；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉期限为二十年。如果二十年后认为必须追诉的，需报请最高人民检察院核准。
二、超过追诉期限的处理原则
司法机关的处理原则：
- 公安机关、人民检察院、人民法院在立案审查或审判阶段，一旦发现犯罪已过追诉时效期限，应依法作出不立案、不起诉或终止审理的决定。这是严格遵循法律规定，保障法律秩序和当事人权益的重要体现。
具体处理方式：
- 公安机关：在立案阶段发现已过追诉时效，不予立案；已立案的，在侦查阶段应撤销案件。
- 检察院：在审查起诉阶段发现超过追诉时效，应作出不起诉决定。
- 法院：在审判阶段发现超过追诉时效，应终止审理。若能够确认被告人无罪，法院应判决宣告被告人无罪。
告知与存档：
- 司法机关应及时告知当事人及其家属处理结果及法律依据，保障其知情权。
- 相关案件材料需妥善保存，以备将来查询或审查。
三、特殊情况下的处理
逃避侦查或审判：
- 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，如果犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判，将不受追诉期限的限制。这意味着，即使超过了原本的追诉期限，只要犯罪嫌疑人一直在逃避法律制裁，司法机关仍可继续追究其刑事责任。
被害人控告而未立案：
- 被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，同样不受追诉期限的限制。这是为了保护被害人的合法权益，防止因司法机关的不作为而导致犯罪嫌疑人逃脱法律制裁。
最高人民检察院核准追诉：
- 在特定情况下，如社会危害特别严重或长期逃避法律制裁的情况，如果认为有必要继续追诉，可以经过最高人民检察院的核准，继续对犯罪嫌疑人进行刑事追究。这是追诉时效制度中的一个例外规定，旨在应对一些特殊、复杂的案件情况。
四、实际应用中的注意事项
- 综合考量：在处理超过追诉期限的案件时，司法机关需综合考虑案件性质、社会危害性、公众意愿等因素，确保处理决定的公正性和合理性。
- 严格遵循法律条文与司法解释：司法机关在处理此类案件时，必须严格遵循相关法律法规及司法解释的规定，确保处理决定的合法性和有效性。
- 保护当事人权益：在整个处理过程中，司法机关应注重保护当事人的合法权益，避免不当侵害。例如，在告知当事人处理结果时，应确保其充分理解并接受；在保存案件材料时，应确保材料的完整性和安全性。
综上所述，对于超过追诉期限的案件，司法机关应严格按照法律规定进行处理，既要维护法律的权威性和公正性，也要充分保障当事人的合法权益。在特殊情况下，需谨慎考虑并依法报请最高人民检察院核准追诉。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要更详细的法律咨询，请随时咨询专业律师。