在撤销证据纠纷的行政诉讼中，常见的案由主要包括以下几种情况：
证据收集程序违法：
- 当行政机关在收集证据的过程中违反了法定程序，如未依法告知当事人权利、未依法出示证件、未依法进行调查取证等，导致所收集的证据被认定为非法证据时，当事人可以提起行政诉讼，请求撤销该证据或相关行政行为。例如，行政机关在未取得搜查令的情况下擅自进入公民住宅进行搜查并获取证据，该证据就可能因收集程序违法而被撤销。
证据内容不真实或存在瑕疵：
- 如果行政机关所依据的证据内容不真实，或者存在明显的瑕疵，如证据来源不明、证据之间存在矛盾无法合理解释等，当事人可以质疑证据的真实性，并提起行政诉讼要求撤销基于该证据作出的行政行为。例如，行政机关依据一份伪造的合同作出行政处罚决定，当事人可以就该合同的真实性提出质疑，并请求撤销该处罚决定。
证据与行政行为无关联性或不足以支持行政行为：
- 在某些情况下，行政机关所收集的证据可能与所作出的行政行为无直接关联性，或者证据不足以支持其作出的行政行为。此时，当事人可以提起行政诉讼，主张行政机关的证据不足以证明其行政行为的合法性，从而请求撤销该行政行为。例如，行政机关以一份与案件无关的报告作为处罚依据，当事人可以就该报告的关联性提出质疑。
行政机关未依法履行举证责任：
- 在行政诉讼中，行政机关通常需要承担举证责任，即证明其行政行为的合法性。如果行政机关未能依法履行举证责任，或者所举证据不足以证明其行政行为的合法性，当事人可以提起行政诉讼，请求撤销该行政行为。例如，行政机关在诉讼中未能提供充分的证据证明其处罚决定的合法性，法院可能因此撤销该处罚决定。
法律背景与建议：
- 在行政诉讼中，证据的合法性、真实性、关联性以及行政机关的举证责任都是重要的审查点。当事人如果认为行政机关所依据的证据存在问题，应当及时收集相关证据，并在诉讼中积极主张自己的权利。
- 如果你面临撤销证据纠纷的行政诉讼问题，建议详细梳理案件事实，收集并整理相关证据，以便在诉讼中充分证明自己的主张。同时，也可以考虑咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
在处理此类案件时，我会根据具体案情，结合相关法律法规和司法实践，为当事人提供全面、专业的法律服务。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。