指定分包在建筑工程中的合法性需依据具体情况来判断，并非一概而论地违法或合法。以下是对此问题的详细分析：

违法的情况

1. 建设单位直接指定分包单位且违反相关规定：

   • 根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》及《工程建设项目施工招标投标办法》等规定，建设单位通常被禁止直接指定分包工程承包人，除非在特定条件下（如总承包合同中有明确约定或涉及特殊专业工程）。这一规定旨在确保工程质量与安全，防止建设单位通过指定分包谋取私利，破坏市场的公平竞争环境。
   • 实例说明：若建设单位指定与其有利益关联但缺乏相应资质或能力的分包单位，可能导致工程质量出现问题，进而损害其他参与方及公众利益。这种情况下，指定分包就是违法的。

2. 违反总承包合同约定：

   • 若总承包合同中未约定或不允许建设单位推荐/指定分包单位，而建设单位擅自进行此类操作，则属于违法行为。这违反了合同自由原则，也可能对总承包单位的权益造成损害。

不违法的情况

1. 总承包合同中有明确约定：

   • 在总承包合同中，若已事先明确约定了某些工程可由建设单位推荐或指定分包单位，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么此类指定分包是合法的。这种情况下，指定分包是基于合同双方的自愿和协商一致。

2. 特殊专业工程的指定：

   • 对于涉及特殊工艺、技术或设备要求的特殊专业工程，由于市场上具备相应能力和资质的单位可能较少，或该专业工程有特殊要求，在经过建设单位认可、总承包单位同意，并遵循法定程序的情况下，指定符合条件的分包单位进行施工，通常不被认定为违法。
   • 例如：某些消防、电力工程等，因其专业性较强，可能需要特定条件的分包单位来完成。在这种情况下，指定分包是合理的且合法的。

法律后果与合规建议

• 违法后果：违反上述法律规定的行为，相关部门将责令整改，并可能面临罚款、停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等严厉的法律后果。这些后果不仅会对建设单位和总承包单位造成经济损失，还会影响其声誉和未来的业务发展。
• 合规建议：在实际操作中，应严格遵守相关法律法规及合同条款，确保分包行为的合法性与合规性。建议在签订合同时，明确分包的相关条款，包括分包的范围、条件、程序等，以避免后续的法律风险。同时，在指定分包时，应确保分包单位具备相应的资质和能力，以保证工程质量和安全。

总结：指定分包在建筑工程中的合法性取决于多种因素，包括是否违反相关法律法规、是否违反总承包合同约定以及是否涉及特殊专业工程等。因此，在进行指定分包时，务必谨慎行事，确保所有操作都符合法律法规和合同条款的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。