结论：食品农残超标已立案，但两年后才查到上游，是否还能进行行政处罚，需结合具体情况判断，一般情况下，若未超过行政处罚的追责时效，是可以进行行政处罚的。以下从多个角度进行分析：
一、行政处罚的追责时效
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
- 一般情况：对于食品农残超标这类违法行为，如果未涉及公民生命健康安全且有严重危害后果的，通常适用二年的追责时效。这意味着，如果违法行为在二年内未被发现，行政机关将不再给予行政处罚。
- 特殊情况：如果食品农残超标行为涉及公民生命健康安全，并且有危害后果的，追责时效将延长至五年。在这种情况下，即使违法行为在两年后才被发现，只要未超过五年，行政机关仍然可以给予行政处罚。
二、立案与追责时效的关系
立案是行政机关对违法行为进行调查和处理的开始阶段。一旦立案，就意味着行政机关已经发现了违法行为，并开始进行调查。因此，立案本身并不受追责时效的限制，但立案后的调查和处理必须在追责时效内完成。
- 已立案但未超过追责时效：如果食品农残超标行为已经立案，并且调查和处理过程在追责时效内完成，那么行政机关可以依法给予行政处罚。
- 已立案但超过追责时效：如果立案后，由于各种原因（如调查难度大、证据收集困难等）导致调查和处理过程超过了追责时效，那么行政机关将不再给予行政处罚。但需要注意的是，这并不意味着违法行为不受任何制裁，如果违法行为构成犯罪，仍然可能受到刑事处罚。
三、实际操作中的考虑因素
在实际操作中，行政机关在决定是否给予行政处罚时，还会考虑以下因素：
- 违法行为的性质：如果违法行为性质恶劣、情节严重，即使超过了一定的时间，行政机关也可能倾向于给予行政处罚。
- 社会影响：如果违法行为引起了广泛的社会关注或造成了严重的社会影响，行政机关也可能更倾向于给予行政处罚以维护社会秩序和公共利益。
- 证据收集情况：如果行政机关能够收集到充分的证据证明违法行为的存在和性质，那么即使超过了一定的时间，也可能给予行政处罚。
四、建议
- 及时配合调查：如果您的食品农残超标行为已经立案，建议您及时配合行政机关的调查工作，提供必要的证据和信息，以便行政机关尽快查明事实真相。
- 咨询专业律师：在处理此类案件时，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和法律法规的规定，为您提供专业的法律建议和帮助。
如果您在食品农残超标或行政处罚方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。