针对超市农残超标的问题，其处罚措施主要依据《中华人民共和国食品安全法》及相关地方性法规和规章来执行。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
超市经营农药残留超过食品安全标准限量的食品，主要违反了《中华人民共和国食品安全法》第三十四条第一款第（二）项的规定，即禁止生产经营农药残留等污染物质含量超过食品安全标准限量的食品。
二、处罚措施
没收违法所得和违法生产经营的食品：
- 市场监管部门会依法没收超市因销售农残超标食品所获得的违法所得。
- 同时，会没收超市中所有农残超标的食品，以防止其继续流入市场，危害消费者健康。
罚款：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条第一款第（一）项的规定，对于违法生产经营农残超标食品的超市，若货值金额不足一万元的，可处以五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，则处以罚款十倍以上二十倍以下。
- 在实际操作中，如果超市初次违法、积极配合调查、持续时间短且社会危害性较小，市场监管部门可能会根据《行政处罚法》及相关地方性裁量权适用规定，予以减轻处罚。例如，在观山湖区的案例中，超市被减轻处罚，仅被没收违法所得60元并罚款500元。
其他可能的处罚：
- 在情节严重的情况下，市场监管部门还可能吊销超市的食品经营许可证，以彻底杜绝其继续违法经营的可能性。
- 如果超市的违法行为构成犯罪，还将依法追究其刑事责任。
三、整改措施
除了接受处罚外，超市还需要采取一系列整改措施，以防止类似问题再次发生：
加强进货查验：
- 超市应严格审查供应商的资质和信誉，确保所购进的食品符合食品安全标准。
- 对每批进货的食品进行必要的检验和检测，特别是农药残留等关键指标。
完善内部管理：
- 建立健全的食品安全管理制度和操作规程，确保员工在采购、储存、销售等各个环节都严格遵守食品安全规定。
- 定期对员工进行食品安全培训，提高其食品安全意识和操作技能。
接受社会监督：
- 超市应主动公开其食品安全管理情况，接受消费者和社会的监督。
- 对于消费者提出的食品安全问题和投诉，超市应积极回应并妥善处理。
四、案例参考
以北海市银海区海鹰小食杂店和观山湖区黔慧生鲜超市为例，两者均因经营农残超标食品而受到了市场监管部门的处罚。但处罚力度因超市的违法情节、配合程度等因素而有所不同。这充分说明了市场监管部门在处罚时的灵活性和公正性。
综上所述，超市农残超标将面临严厉的处罚措施，包括没收违法所得和食品、罚款甚至吊销许可证等。同时，超市还需要采取一系列整改措施以防止类似问题再次发生。希望这些信息能对您有所帮助。