传染病请假期间，工资是否会被扣除需根据具体情况来判断，但总体原则是单位不得无故扣减员工工资。以下是对此问题的详细分析：
一、隔离治疗期与医学观察期
法律规定：
- 根据《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条，被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。这一规定适用于所有传染病，包括乙类传染病。
实际应用：
- 如果员工因患传染病被政府实施隔离措施，导致无法正常工作，单位在此期间应正常支付工资，不得扣减。
二、医疗期情况
医疗期定义：
- 医疗期是指员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，而用人单位不得因此解除劳动合同的期限。
工资支付标准：
- 在医疗期内，员工可享受医疗期待遇，工资标准通常不低于当地最低工资标准的80%。具体支付比例可能依据地方细化规定或劳动合同约定。例如，若当地最低工资标准为2000元，则病假工资最低不得少于1600元。
- 部分地区可能有更细致或严格的规定，如上海等地，劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定；集体合同标准高于劳动合同的，按集体合同标准确定。
实际应用：
- 如果员工在隔离期结束后仍需停止工作进行治疗，单位应按照医疗期的相关规定支付病假工资。
三、灵活办公情况
灵活办公定义：
- 灵活办公是指员工虽然身体不适，但可以通过远程办公等方式完成工作任务。
工资支付标准：
- 如果员工与单位协商一致进行灵活办公，单位应当按照正常出勤支付工资。
实际应用：
- 在传染病请假期间，如果员工能够通过灵活办公完成工作任务，单位应正常支付工资，不得扣减。
四、特殊情况处理
超过医疗期：
- 如果员工超过规定的医疗期仍无法正常工作，用人单位可根据实际情况进行不同处理。若能从事用人单位另行安排的工作，则按新岗位工资标准支付；若不能从事原工作或新安排的工作，用人单位在提前通知或额外支付一个月工资后，可解除劳动合同，但需依法支付经济补偿。
工伤认定：
- 对于因工作原因感染传染病的职工，如医护及相关工作人员在履行工作职责中感染新型冠状病毒肺炎或因感染死亡，应认定为工伤，依法享受工伤保险待遇。在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
五、综合建议
员工方面：
- 了解自己的合法权益，如遇单位违规扣减工资的情况，可依法维护自己的权益。
- 在请假前与单位进行充分沟通，明确双方权利义务。
单位方面：
- 参照国家法律法规及地方相关政策法规，制定合理的工资支付制度。
- 确保工资支付制度符合公共卫生政策和员工权益保护的原则。
总结来说，传染病请假期间工资是否会被扣除，需根据具体情形来判断。但无论如何，单位都应遵循国家法律法规及相关政策原则，确保员工权益得到合理保障。如果您在传染病请假期间遇到工资扣减问题，或有其他劳动纠纷方面的疑问，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。