传染病休假期间，单位一般不得无故扣减员工工资，但具体情形需根据隔离治疗期、医疗期等不同阶段来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、隔离治疗期与医学观察期
法律依据：
- 根据《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条，被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。这一规定同样适用于传染病患者，包括乙类传染病。
实际应用：
- 以新冠肺炎为例，确诊患者、无症状感染者等均需进行隔离治疗或医学观察。在此期间，员工虽然未正常工作，但单位应全额支付其工作报酬，不得扣减。
二、医疗期情况
医疗期的确定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病（包括传染病）或非因工负伤需要停止工作接受医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，可享受三个月到二十四个月的医疗期。
工资支付标准：
- 在医疗期内，员工可享受医疗期待遇，工资标准通常不低于当地最低工资标准的80%。具体支付比例可能依据地方细化规定或劳动合同约定。例如，若当地最低工资标准为2000元/月，则员工在医疗期内的工资至少应为1600元/月。
三、特殊情况处理
灵活办公：
- 如果员工虽然身体不适但可以通过远程办公等方式完成工作任务，并与单位协商一致进行灵活办公，那么单位应当按照正常出勤支付工资。
超过医疗期：
- 若员工超过规定的医疗期仍无法正常工作，用人单位可根据实际情况进行不同处理。若能从事用人单位另行安排的工作，则按新岗位工资标准支付；若不能从事原工作或新安排的工作，用人单位在提前通知或额外支付一个月工资后，可解除劳动合同，但需依法支付经济补偿。
四、综合建议
员工方面：
- 员工应了解自己的合法权益，如遇单位违规扣减工资的情况，可依法维护自己的权益。同时，在请假前应与单位进行充分沟通，明确双方权利义务。
单位方面：
- 单位应参照国家法律法规及地方相关政策法规，制定合理的工资支付制度，并确保其符合公共卫生政策和员工权益保护的原则。在实际操作中，应严格执行相关规定，避免引发劳动纠纷。
总结来说，传染病休假期间工资支付问题涉及多个法律层面和实际情况。员工和单位应密切关注相关法律法规和政策动态，确保合规操作并保障双方权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。