结论：因迟到2分钟扣一天休班是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，这种做法可能不合法。以下从多个角度进行分析：
一、不合法的情形
规章制度未履行民主程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若迟到扣一天休班的规定未经此程序制定，则该规定不合法。
规章制度未公示告知：
- 用人单位需将直接涉及劳动者切身利益的规章制度公示或告知劳动者。若未进行公示或告知，劳动者可能并不知晓该规定，因此不能作为处理依据。在此情况下，因迟到2分钟扣一天休班显然不合法。
扣休息时间显失公平：
- 迟到几分钟即被扣除较长时间的休息，如迟到2分钟扣一天休班，这种规定明显加重了劳动者的责任，违反了公平原则。根据相关法律法规，这种显失公平的规定应认定为不合法。
侵犯劳动者休息权：
- 根据我国《宪法》和《劳动法》，劳动者享有休息休假的权利。若因迟到而过度扣减休息时间，导致劳动者无法保证基本休息，即侵犯了劳动者的休息权，属于不合法行为。
二、合法的情形（但在此案例中不太可能适用）
合法依规制定并告知：
- 若用人单位的规章制度经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，同时规定的迟到扣休息内容合理（如迟到一定时间扣相应比例的休息时间），未违反法律法规的强制性规定和公平原则，则该规定可被视为合法。但在此案例中，迟到2分钟扣一天休班显然不合理，因此不太可能适用此情形。
劳动者事先同意：
- 如果劳动者在入职时或在工作过程中，自愿与用人单位达成协议，同意迟到时用休息时间来抵偿，并且该协议不存在欺诈、胁迫等情形，那么迟到扣休息也可能是合法的。但这种情况需要明确的书面协议等证据来证明劳动者的自愿性，且在此案例中，迟到2分钟扣一天休班显然超出了合理范围，因此也不太可能适用此情形。
三、实际应用中的建议
- 对于用人单位：应确保规章制度的合法性和合理性，遵循民主程序制定，并及时公示告知劳动者。在制定迟到扣休息等规定时，应充分考虑公平性和合理性，避免过度扣减劳动者的休息时间。
- 对于劳动者：应了解自身权益，关注用人单位的规章制度。若认为用人单位的规定不合法或不合理，可以向劳动监察部门或劳动仲裁机构投诉或申请仲裁。在此案例中，劳动者可以积极维护自己的合法权益，要求用人单位撤销不合理的扣休息规定。
总结：因迟到2分钟扣一天休班在通常情况下可能不合法，主要因为该规定可能未履行民主程序、未公示告知、显失公平或侵犯劳动者休息权。若遇到此类情况，劳动者应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。