结论前置：劳动合同的工资支付主体由总公司变更为子公司，这一变更的合法性主要取决于是否遵循了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，特别是关于劳动合同变更的条款，且必须确保劳动者的权益不受损害。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与合同变更原则
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工资支付主体。这意味着，任何变更都需要得到劳动者的明确同意，并以书面形式确认。
法人独立性：
- 母公司和子公司在法律上是相互独立的法人主体，各自承担民事责任。因此，工资支付主体的变更，实质上是劳动合同主体的变更，必须遵循协商一致的原则。
二、变更的合法性与合理性
合法情形：
- 业务调整与资源整合：如果总公司出于战略发展考虑，将业务板块转移至子公司，且这一变更能为员工提供更好的职业发展机会、工作条件和福利待遇，同时经过双方协商一致，那么这种变更是合法的。
- 子公司独立发展需求：子公司为建立独立的人力资源管理体系，吸纳母公司有经验的员工，且经过双方同意并书面确认，这种变更同样具有合法性。
非法情形：
- 规避法律责任：如果变更的目的是为了逃避法律责任，如减少赔偿、逃缴社保等，严重损害劳动者权益，那么这种变更就是非法的。
- 损害员工利益：如果变更导致员工待遇降低、工作环境恶化或职业发展受阻，且没有提供合理的补偿或解决方案，那么这种变更同样是不合法的。
三、实践操作建议
正规流程：
- 如果确实需要将劳动合同的工资支付主体从总公司变更到子公司，建议先解除与原总公司的劳动合同（如果符合法定条件，应支付经济补偿），再与子公司签订新的劳动合同。新合同应详细载明变更后的工作内容、地点、薪资待遇等条款，并确保双方签字或盖章确认。
书面变更协议：
- 双方需签订书面的劳动合同变更协议，明确变更的具体内容，包括原合同的基本信息、变更后的具体条款等。这有助于保障双方的权益，避免未来可能出现的纠纷。
劳动者权益保障：
- 在变更过程中，应特别关注劳动者的权益保障问题。如工作年限是否连续计算、工资待遇是否降低、社会保险和福利待遇是否受到影响等。如果变更导致劳动者权益受损，劳动者有权拒绝变更并要求继续履行原劳动合同或寻求其他法律救济途径。
四、风险提示
对于用人单位：
- 未与劳动者协商一致擅自变更劳动合同，可能导致劳动者要求解除劳动合同并要求经济补偿。同时，变更过程中手续不完善，如未签订书面变更协议，可能面临劳动纠纷风险。
对于劳动者：
- 在面对劳动合同变更时，应仔细审查变更协议内容，确保自身权益不受损害。特别是要关注工作地点变更可能带来的交通不便及相关补贴问题，以及工龄计算等关键条款。
总结与建议：劳动合同的工资支付主体由总公司变更为子公司，必须严格遵守法律规定，确保变更过程合法、合理，且充分保护劳动者的权益。在任何变更中，双方的有效沟通和协商一致是关键。如果您或您的企业正面临这样的问题，或者有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。