结论：在现行《刑事诉讼法》中，“免于起诉”制度已被废除，统一采用“不起诉”制度来处理符合不同条件的案件。以下是对检察院起诉和“不起诉”（原“免于起诉”已废止，此处重点阐述“不起诉”）的详细区别分析：
一、核心概念与性质
起诉：指检察院经过审查，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任，从而向法院提起公诉的行为。一旦起诉，案件将进入审判程序，由法院进行审理并作出判决。
不起诉：指检察院在审查后，基于法定情形（如情节显著轻微、证据不足等）或酌定考虑（如犯罪情节轻微且犯罪嫌疑人自首、立功等），决定不将案件移送法院审判的行为。不起诉意味着犯罪嫌疑人不会面临法院的审判，是刑事诉讼程序的终止。
二、适用条件
起诉的适用条件：
- 犯罪事实清楚，证据确实、充分。
- 依法应当追究刑事责任。
- 例如，在盗窃案件中，如果有监控录像、被害人陈述、指纹等证据证明犯罪嫌疑人实施了盗窃行为，且盗窃金额达到刑事立案标准，那么检察院就可能会提起公诉。
不起诉的适用条件：
- 法定不起诉：如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等。
- 酌定不起诉：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的。这通常包括犯罪嫌疑人自首、立功、犯罪中止、犯罪未遂且情节轻微等情形。
- 存疑不起诉：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
三、法律后果
起诉的法律后果：
- 案件进入审判程序，由法院审理并裁判。
- 若判定有罪，将依据法律规定判处刑罚，包括主刑（如有期徒刑、无期徒刑、死刑）和附加刑（如罚金、剥夺政治权利、没收财产）。
- 例如，在贪污受贿案件中，如果法院判定被告人有罪，可能会判处有期徒刑、罚金，并没收违法所得。
不起诉的法律后果：
- 犯罪嫌疑人不会进入审判程序，不会被判处刑罚。
- 法定不起诉和存疑不起诉视为无罪，犯罪嫌疑人不会留下犯罪记录。
- 酌定不起诉虽然构成犯罪，但因为情节轻微等原因不追究刑事责任，对当事人名誉等影响相对较小，且通常也不会留下犯罪记录（但需注意，酌定不起诉并不等同于无罪，只是在特定条件下不追究刑事责任）。
四、程序流程
起诉的程序流程：
- 检察院制作起诉书，向有管辖权的法院提起公诉。
- 法院立案、审理，通知相关人员参加诉讼。
- 例如，在故意杀人案件中，检察院提起公诉后，法院会安排开庭时间，进行法庭调查、辩论等环节，最终作出判决。
不起诉的程序流程：
- 检察院制作不起诉决定书，并公开宣布。
- 送达犯罪嫌疑人及其单位、被害人或其近亲属及诉讼代理人。
- 被害人对不起诉决定不服的，可以向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉；对于人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉（即自诉）。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。
五、对犯罪嫌疑人权益的影响
起诉对权益的影响：
- 犯罪嫌疑人可能面临取保候审、监视居住等强制措施，甚至被羁押。
- 名誉、职业、家庭等方面可能受到负面影响。
- 例如，公职人员因涉嫌犯罪被起诉的，可能会被停职处理，社会声誉也会受到损害。
不起诉对权益的影响：
- 犯罪嫌疑人不需接受法院审判，人身自由不受进一步限制。
- 名誉、职业等方面受到的负面影响较小。
- 例如，轻微伤害行为的犯罪嫌疑人若被不起诉的，可以继续正常生活和工作，不会因犯罪记录而受到过多限制。
总结与建议：在现代法律制度下，“免于起诉”已成为历史概念，我们应准确使用“不起诉”这一表述。在处理刑事案件时，检察机关会根据具体法律规定和案件情况，严格遵循不起诉制度的适用条件和程序要求来作出决定。如果您或您身边的人遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律建议。