医疗机构无权扣押医师证。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 法律角度：

   • 根据《中华人民共和国医师法》及相关法律法规，医师证是医师合法执业的凭证，由医师本人持有并保管。医疗机构作为雇主或管理单位，并无权力扣押医师的执业证书。
   • 若医疗机构擅自扣押医师证，可能构成对医师合法权益的侵犯，医师有权向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

2. 实践角度：

   • 在实际工作中，医疗机构可能会要求医师在入职时提交医师证等相关证件的复印件或扫描件，用于备案或管理目的。但这并不意味着医疗机构有权扣押原件。
   • 如果医疗机构以任何理由扣押医师证原件，医师应坚决拒绝，并可以向当地卫生行政部门或劳动监察部门投诉，要求医疗机构立即归还。

3. 后果角度：

   • 医疗机构扣押医师证可能导致医师无法正常执业，进而影响其职业发展和收入。同时，这也可能构成对医师劳动权益的侵犯，医疗机构可能面临法律责任。
   • 对于医师而言，如果遭遇医疗机构扣押医师证的情况，应及时采取措施维护自己的权益，包括与医疗机构协商、投诉、寻求法律援助等。

建议：

• 医师在入职医疗机构时，应明确了解并遵守相关法律法规和规章制度，同时保护好自己的合法权益。
• 如果医疗机构提出扣押医师证的要求，医师应坚决拒绝，并可以向相关部门咨询或投诉。
• 在日常工作中，医师应妥善保管好自己的医师证等执业证书，避免丢失或损坏。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。