针对您提出的“注册单位扣押医师证怎么处理”的问题，这是一个涉及劳动者权益保护的重要事项，以下是我为您提供的详细解答：
首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条第一款的规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。这意味着，如果您的注册单位扣押了您的医师证，您有权向当地的劳动行政部门（如人力资源和社会保障局）进行投诉。
在投诉过程中，劳动行政部门会按照以下程序进行处理：
立案责任：劳动行政部门在发现用人单位扣押劳动者证件的违法行为后，会进行审查，并决定是否立案。
调查责任：对于立案的案件，劳动行政部门会指定专人负责，及时组织调查取证。调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述，并作记录。
审查责任：劳动行政部门会对案件调查报告进行审查，包括案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面，提出处理意见。
告知责任：在作出行政处罚决定前，劳动行政部门会制作《行政处罚通知书》送达当事人，告知其违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
决定责任：劳动行政部门会制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。
送达责任：行政处罚决定书会按法律规定的方式送达当事人。
除了向劳动行政部门投诉外，您还可以考虑以下途径：
与单位协商：尝试与扣押医师证的单位进行沟通，了解其扣押证件的原因，并寻求解决方案。如果单位能够认识到错误并主动退还证件，那么问题可能得到迅速解决。
寻求法律援助：如果与单位协商无果，您可以考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
关注医疗乱象整治：近年来，各地都在狠抓医疗乱象专项治理，包括打击扣押医师证等违法行为。您可以关注当地卫健委或相关部门的整治行动，了解是否有针对此类问题的专项治理措施。
最后，我想强调的是，扣押医师证是违法行为，不仅损害了劳动者的权益，也影响了医疗行业的正常秩序。因此，我建议您在遇到此类问题时，及时采取措施维护自己的权益。同时，也希望您能够保持冷静和理性，通过合法途径解决问题。