医院扣押医生档案是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定：“用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。”这一条款明确规定了用人单位在解除或终止劳动合同时，有义务为劳动者办理档案转移手续。因此，医院作为用人单位，扣押医生档案的行为违反了这一法律规定。
二、法律后果
行政责任：医院扣押医生档案，可能面临劳动行政部门的处罚。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动行政部门有权对违反规定的用人单位进行责令改正、罚款等行政处罚。
民事责任：如果医院扣押档案导致医生遭受损失，如无法及时找到新工作、错过重要职业机会等，医生有权要求医院承担民事赔偿责任。这种赔偿责任可能包括因档案扣押导致的直接经济损失和间接经济损失。
法律诉讼：医生有权通过法律途径维护自己的合法权益。如果医院拒绝办理档案转移手续，医生可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求医院履行法定义务并赔偿损失。
三、实际操作建议
与医院协商：首先，医生可以尝试与医院进行协商，要求医院立即办理档案转移手续。在协商过程中，医生可以引用相关法律法规，强调医院的法定义务和扣押档案的违法性。
向劳动行政部门投诉：如果协商无果，医生可以向当地劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门介入调查并责令医院改正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动行政部门未能有效解决问题，医生可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，医生需要提供充分的证据证明医院的违法行为以及自己因此遭受的损失。
四、特殊情况考量
虽然医院扣押医生档案是违法的，但在某些特殊情况下，如医生存在未了结的债务、纠纷或涉及法律诉讼等，医院可能会基于合法理由暂时扣留档案。然而，这种情况必须符合法律法规的规定，并且医院需要在合理期限内解决相关问题并办理档案转移手续。如果医院无正当理由扣押档案，或者扣押期限超过合理范围，仍然构成违法行为。
总结来看，医院扣押医生档案是违法的，医生有权通过法律途径维护自己的合法权益。在实际操作中，医生可以与医院协商、向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼等方式来解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。