核心结论：患者起诉非法行医时，与非法行医者签订的协议通常无效，但需结合具体情形判断协议性质及法律后果。

1. 协议无效的法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。非法行医属于《刑法》第336条及《基本医疗卫生与健康促进法》第99条明确禁止的行为，因此患者与非法行医者签订的协议（如诊疗合同、赔偿协议等）因主体不合法、内容违法而自始无效。

例外情形：若协议内容不涉及非法诊疗行为本身（如单纯约定支付医疗费用），但因行医者无资质导致合同无效的，仍可能被认定为无效协议。

2. 起诉非法行医的路径

患者可通过以下方式主张权利：

• 刑事附带民事诉讼：若非法行医构成犯罪（如造成患者重伤、死亡），患者可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等损失。
• 单独民事诉讼：即使非法行医未达到刑事立案标准，患者仍可依据《民法典》第1218条（医疗机构或医务人员过错责任）或第1165条（一般侵权责任）起诉，要求赔偿。但需注意：非法行医者可能无赔偿能力，需提前申请财产保全。
• 行政投诉：向当地卫生健康行政部门举报非法行医行为，由行政部门查处（如罚款、取缔），并可协助患者固定证据。

3. 协议无效后的法律后果

• 返还财产：若患者已支付费用，可要求非法行医者返还；若行医者已提供“服务”（尽管非法），可能折价补偿。
• 赔偿损失：患者可主张因非法行医导致的直接损失（如后续治疗费）和间接损失（如误工费），但需证明因果关系。
• 举证责任：患者需提供协议文本、付款记录、诊疗记录、伤害证明等证据；若行医者否认协议效力，需由其举证证明协议合法性。

4. 实务建议

• 固定证据：立即保存协议、转账记录、现场照片、证人联系方式等，必要时申请司法鉴定（如伤情鉴定）。
• 联合举报：若多名患者受害，可集体举报以增强证据效力。
• 谨慎协商：避免与非法行医者私下签订“封口协议”或放弃索赔，此类协议可能因违法而无效。

提示：非法行医案件中，行医者常通过“协议”规避责任，但法律对违法行为的制裁优先于协议效力。患者应优先通过法律途径维权，而非依赖无效协议。如有具体案情，可进一步向我咨询。