针对您提出的“非法行医签了医疗纠纷协议书怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律与医疗纠纷处理的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、非法行医的法律认定与处罚
首先，我们需要明确非法行医的定义与情形。非法行医通常指未取得《医疗机构执业许可证》或未经备案擅自开展诊疗活动，包括未取得医师资格从事医疗行为、个人或机构无证/无备案开展诊疗，以及被吊销执照后仍继续行医等情形。根据《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》和《医疗机构管理条例》，非法行医将面临行政处罚，如没收违法所得及药品、器械，处违法所得5~20倍罚款（不足1万元按1万计算），情节严重者还可能被责令停业整顿或吊销执业证书。若造成患者人身损害，还可能构成《刑法》第336条“非法行医罪”，面临刑事处罚。
二、医疗纠纷协议书的法律效力与处理
在您已经与非法行医者签订了医疗纠纷协议书的情况下，我们需要考虑该协议书的法律效力及后续处理方式。
协议书的法律效力：
- 如果协议书是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议书通常具有法律效力。
- 然而，由于非法行医本身是违法行为，因此与非法行医者签订的协议书可能存在被认定为无效或可撤销的风险，特别是当协议内容涉及非法行医者的违法所得或违法行为的掩盖时。
后续处理方式：
- 评估协议内容：首先，您需要仔细评估协议书的内容，特别是关于责任划分、赔偿金额及支付方式等条款，确保它们符合您的实际损失和合法权益。
- 咨询专业律师：鉴于非法行医的复杂性和法律风险，我强烈建议您咨询专业律师或法律顾问，以获取针对您具体情况的法律意见。
- 考虑法律救济：如果协议书存在无效或可撤销的情形，或者您认为协议内容不公平、不合理，您可以通过法律途径寻求救济，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
- 举报非法行医：同时，您也有权向卫生行政部门举报非法行医行为，以维护公共健康和安全。
三、特别提示与建议
- 保持冷静与理性：在处理此类纠纷时，请保持冷静与理性，避免采取过激行为或扰乱医疗秩序，否则可能承担法律责任。
- 收集并保存证据：请务必收集并保存所有与医疗纠纷相关的证据，如病历、检查报告、费用清单、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
- 优先通过合法途径解决：建议优先通过协商、调解等合法途径解决纠纷，以降低成本和风险。如果协商不成，再考虑通过司法诉讼等法律途径解决。
综上所述，非法行医签了医疗纠纷协议书后的处理方式需要综合考虑协议书的法律效力、您的实际损失和合法权益以及法律风险等因素。我建议您咨询专业律师或法律顾问，以获取针对您具体情况的法律意见和帮助。